公元1644年3月19日，新順王李自成率領農民軍攻陷大明首都北京，崇禎皇帝朱由檢在太監王承恩的陪同下在煤山自縊身亡。李自成還沒把崇禎的龍椅捂熱，僅僅1個月後，曾經的遼東總兵吳三桂和多爾袞率領的八旗軍就聯手擊敗李自成。
剛剛攻下北京城的女真人，為了取得政權合法性，順治皇帝親自主持祭拜了崇禎皇帝，以為前朝崇禎皇帝發喪的方式，向天下宣布：滿清才是明朝的繼承者，滿清入關是為了替崇禎皇帝報仇。
如果站在當時的時代背景下，你要是認同攻佔北京的清朝為合法政權，多半會被當成笑話。因為，相比於在南京的南明政權，剛剛入關的清政權其實是弱勢的一方。
根紅苗正的接班人沒了，只能從近支皇族裡找。大臣們各懷鬼胎，各派勢力為了繼承人問題是明爭暗鬥，好不熱鬧。各個藩王也是互相不服氣，甚至一段時間幾乎有並立的監國，而他們又是大臣爭鬥的產物而已，基本上一點威望都沒有，根本沒有什麼號召力。所以南明時期，一直面臨著政權合法性的問題。
不論從什麼角度講，滿清入關後僅僅十幾年就一統天下，這個過程太過魔幻，從時候諸葛的角度來看，南明是最有希望翻盤的那方，但無休止的內鬥 讓南明斷送了一次次大好的機會，而最終南明這個政權也隨着這些機會一起淹沒在了歷史的長河中。
相比于堅持了一百多年的南宋，南明在歷史的知名度，要低得多
在北京被闖軍攻破的消息傳到留都南京後，南京的明朝大員史可法、錢謙益、馬士英等卻為到底擁立哪位宗室為新君而爭鬥不休，最終在1645年，平衡了朝中各方利益的朱由崧粉墨登場，是為弘光皇帝。
然而弘光帝極度無能，南明內部依然內鬥不休，在清軍擊敗闖軍後，駐武昌的明將左良玉仍以「清君側」為名向長江下游進攻，而馬士英則急調江北四鎮兵力應戰，這一系列混亂的內耗，極大的削弱了南明的軍事實力、政治號召力和凝聚力。
即使在後來，南明和大西、大順余部合作抗清時期，其內部也發生過多次嚴重的內亂，不僅喪失了恢復江山的機會，更使得南明僅有的實力一落千丈，最終被清軍消滅。
隆武政權滅亡之後，朱由榔（永曆政權）和唐王朱聿鐭紛紛自立，並在同年兩人相繼稱帝，這兩個藩王不好好合作，在當時清朝進犯南方的情況下，這兩撥人開始相互攻伐，而清朝看到這種情況後，直接選擇進攻了朱聿鐭，結果唐王政權不到40天就滅亡了，而朱由榔此時此刻去逃到了廣西。
就在南明政權岌岌可危的時刻，李自成的農民軍勢力進入湖南江西一帶，為了緩和農民軍和南明的矛盾，農民軍開始接受「明」的旗號，這個和清朝晚年義和團「扶清滅洋」很相似，不過這裡是連明抗清。
李定國跟孫可望得加入使得南明政權一度有中興的跡象，後來孫可望嫉妒李定國，再加上自己本身實力的不足，於是他便向當時的清軍投降，不僅如此，他還向清軍將領洪承疇獻出了當時李定國所在的西南地區的全部地圖，並且詳細向清軍介紹了當時在西南地區的大西軍，這使的清軍很快就知道了李定國的大西軍的底細。
明朝過去的黨爭，只局限於朝堂內，而且很多黨爭是皇帝故意挑起的。為的是讓群臣相互內鬥，沒時間跟皇帝掐架。
南明倒好，皇帝成了擺設，大臣都以軍閥為後台，黨爭烈度比以前不知道高了多少倍。
磨盤山戰役中，南明光祿寺少卿盧桂生潛出告密。吳三桂得到消息，下令急退，李定國下令追擊，此役，是雲貴會戰以來，南明與清軍規模最大的一場惡戰！有三分之二的明軍戰士戰死，清軍雖然提前撤軍了，卻也是死傷無數，連退三十里。
此戰之後，南明大勢已去，永曆帝帶着殘餘勢力逃亡緬甸。李定國雖然有殺賊之心，但也無力回天了。
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