朱元璋建立大明王朝之後，為了鞏固自家江山，使子孫萬代基業永續，採用了兩手辦法，在大肆屠戮開國功臣的同時分封諸王，把自己的24個兒子與1個從孫封為藩王，分別駐守邊境地區與軍事要地，藉此加強皇室的力量。但朱元璋不會想到的是，自己精心布的網，會在他死後將他的孫子也就是他的繼承者朱允炆套了進去，並且還引發了中國歷史上的一大謎案。
明朝開國皇帝朱元璋死後，因皇太子朱標於洪武二十五年(1392年)先他而死，乃由皇太孫朱允炆即位，即建文帝。為了削弱各個藩王的實力，防止日後尾大不掉的局面出現，朱允炆開始着手削藩，這致使朝廷與藩王之間的矛盾激化，明王朝內部開始決裂，此時實力最強的燕王朱棣成了最大的目標。燕王朱棣便於建文元年(1399年)以「清君側之惡」的名義舉兵反抗朝廷，以聲討齊泰、黃子澄為名，矛頭直指建文帝。朱棣在封地起兵，發動了歷史上有名的「靖難之役」。直至建文四年(1402年)，朱棣由燕王榮登皇位，歷時4年的災禍才結束。朱棣攻陷南京後，皇宮已是一片大火，建文帝下落不明，皇帝使用的玉璽也隨之消失得無影無蹤。
一時間，關於建文帝的生死之謎，成為歷史上爭訟不決的懸案。之後，有關建文帝已經出逃的傳聞頗多，明成祖朱棣對此總是不安心，此事也成為他的一塊心病。關於建文帝生死之謎，常見的是正史中的記載，朱允炆於宮中自焚而死，但有兩點卻很奇怪。首先，清理現場的時候，太監只找到了馬皇后和太子朱文奎的遺骸，朱允炆的遺骸始終沒有找到；其次，建文帝使用的玉璽也下落不明，活不見人死不見屍。燕王朱棣為奪取帝位，只有宣稱建文帝已死，為掩飾奪取帝位而發動的政變，朱棣指使臣下掩蓋歷史真相，銷毀建文帝時期的政府檔案，禁止一切關於此事的記敘，算改歷史。而且，燕王為讓天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其墓於何處，無人知曉。明末，崇禎帝曾表示，想給建文帝上墳，卻不知其墳墓在何處。
另一種說法，在南京被攻破後，建文帝曾想自殺，但在其親信說服下，削髮為僧，從地道逃出了皇宮，隱姓埋名，浪跡江湖。明成祖死後，又國到京城，死後葬於京郊西山。對於朱棣來說，最害怕的就是朱允炆流落民間，以後有機會東山再起，那自己就麻煩了。如果侄子朱允炆自焚，那就是再好不過的事了，自己再沒有後顧之憂了。
不過，「寧可信其有，不可信其無」，朱棣還是相信他活在人世間，所以他開始派人尋找侄子朱允炆。朱棣派出自己的心腹大臣胡濙(yíng)到民間去暗訪建文帝朱允炆的下落。胡濙行遍天下州縣，甚至一度拜訪得道高人，希望得到指點，進而能幫助他獲取到建文帝的消息。期間母親去世也沒有回家丁憂，而是繼續完成着自己的使命，直到公元1423年才回到朝廷，他回來後，馬上趕到宣府去拜見朱棣。胡濙此次將打開纏繞着朱棣多年的心結。當時朱棣已經就寢，但是一聽說胡濙來了，馬上起床召他入內。胡濙將自己尋找建文帝期間的聽聞與掌握的情況原原本本的告訴了朱棣，談至深夜才離開，史書上沒有記載二人談話的具體內容，胡濙帶回的消息可能是建文帝可能已經死去，屍首被胡濙找到;或者真如傳言所說的那樣，已經遠渡重洋而去，胡瀅暗訪找到了證據;還有可能建文帝已經出家為僧，與胡濙深切的交談之後，吐露自己已經不再貪戀權利，打算歸隱一生的心愿。總之建文帝不論生死，都已經對朱棣構不成威脅了。
民間傳說中，在許多地方都有建文帝的蹤跡，有的說建文帝逃到雲貴地區，輾轉到南洋，直到現在，雲南大理仍有人以建文帝為鼻祖；也有現代學者認為，當年建文帝潛逃後，曾藏於江蘇吳縣黿山普濟寺內，接着隱匿於穹窿山皇駕庵，於永樂二十一年(1423年)病亡，埋於庵後小山坡上。
同樣，明成祖朱棣的子孫後代也認為建文帝的下落是個謎。明神宗朱翊鈞即位伊始，曾下詔為被殺的建文朝大臣建祠廟進行祭祀，並頒佈《苗裔恤錄》，對他們的後裔給予撫恤。萬曆二年(1574年)十月十七日，他在文華殿與內閣大學士們談起建文帝一事，提出了思慮已久的問題：「聽說建文帝逃亡，不知真偽如何？」再次提出了明朝的第一號無頭公案。內閣首輔張居正如實回答：「我朝的國史沒有記載這件事，聽前朝的故老們說，靖難之師進入南京城，建文帝喬裝逃亡。到了正統年間，有一個老和尚在雲南驛站壁上題詩一首，有『淪落江湖數十秋』之句。御史召見此人詢間，老僧坐地不跪，說：『我想葉落歸根。』查驗後才知道是建文帝。」張居正的說法，記載在《明神宗實錄》，與祝允明《野記》所說大體相同，可見在明朝中晚期，關於建文帝的下落已經不再忌諱，事實的真相逐漸明朗。
至於建文帝的下落到底如何，以上兩種說法都無法給出令人滿意的答案。建文帝生死之謎，只能遺留於歷史長河之中。
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