唐高祖李淵武德九年六月初四，李世民發動玄武門之變，殺掉了大哥李建成、四弟李元吉和十個親侄子，瓦崗英雄們在這場骨肉相殘悲劇中分成了三派：太子洗馬魏徵自然是全力支持李建成，已經被李淵賜姓並改名為李世勣的徐懋功保持中立，張亮堅定地站在李世民一邊，程咬金在事變前曾勸說李世民早做打算，但他卻沒有出現在玄武門戰場。
秦瓊有沒有參加玄武門之變？《舊唐書》和《新唐書》都給出了肯定的答案，但這兩部史書中的答案又出現了矛盾，我們僅以《舊唐書》為例，就能找出問題。
《舊唐書·卷二·本紀第二·太宗上》記載：「九年，皇太子建成、齊王元吉謀害太宗。六月四日，太宗率長孫無忌、尉遲敬德、房玄齡、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知節、秦叔寶、段志玄、屈突通、張士貴等於玄武門誅之。」
《舊唐書·卷六十五·列傳第十五》則是另外一種說法：「（長孫）無忌與尉遲敬德、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗等九人，入玄武門討建成、元吉，平之。」
據說唐初的宮廷檔案（比如高祖實錄）是被唐太宗李世民修改過的，而後世修史，本紀一半來自宮廷檔案，列傳可能就要參考文臣武將的個人筆記和墓志銘等其他資料了——唐朝筆記很流行，一些史官私下裡也會記載一些事情但不會寫入正史。
我們細看兩唐書，就會發現秦瓊的官爵也是有問題的。正史說秦瓊在玄武門之變後才受封左武衛大將軍，玄武門之變前不過是秦王府的「右三統軍」，這就不對了：秦瓊在唐高祖李淵武德三年和四年，就已經受封上柱國、翼國公，這樣高的勛位和爵位，怎麼會是秦王李世民的家將？
熟讀唐史的讀者諸君當然知道，秦王世民、齊王元吉都被其父李淵許可擁有一批私兵家將：「秦王、齊王府置左右六護軍府、左右親軍府、左右帳內府。左一、右一護軍府，護軍各一人，副護軍各二人，長史、錄事參軍事，倉曹、兵曹、鎧曹參軍事，各一人，統軍各五人，別將各一人。」
按照史書職官介紹規矩，秦瓊這個身兼上柱國、翼國公勛爵的「統軍」，地位還不如連男爵都不是的秦王府左二副護軍尉遲敬德，李淵一向敬重秦瓊，怎麼會只給他這麼小一個非正式官職？
我們再詳細看一下兩唐書，就又發現了新問題——按照這兩本史書的記載，秦瓊功勞越來越大，官職卻越來越小了，而其他瓦崗舊將如王伯當，則早在武德元年就被李淵封為了左武衛將軍。
綜合分析史料，我們似乎可以確定，包括秦瓊的左武衛大將軍在內，秦瓊的一切官爵都是李淵封贈的，史書之所以把情義記在李世民頭上，無疑是想說秦瓊在玄武門之變中是支持李世民的。
在兩唐書中，只要真正支持李世民的，在其列傳中都會大書特書，比如同為瓦崗舊將的張亮，其列傳就用了大量篇幅講述其在玄武門之變前後的表現及所受封賞：「太宗以洛州形勝之地，一朝有變，將出保之。遣亮之洛陽，統左右王保等千餘人，陰引山東豪傑以俟變，多出金帛，恣其所用。元吉告亮欲圖不軌，坐是屬吏（因此被交給有司衙門審理），亮卒無所言（打死也不招）。事釋，遣還洛陽。及建成死，授懷州總管，封長平郡公。」
張亮在瓦崗軍就算不得好人，他就是因為打小報告而受到李密重用，併當上了瓦崗驃騎將軍，但仍歸徐懋功（徐世勣）指揮。
張亮在貞觀二十年以謀反罪被殺，就是這樣一個「反賊」，參與玄武門之變尚且大書特書，如果當時的「天下第一高手」秦瓊也在玄武門大殺四方，史書還不得寫上千八百字？
兩唐書對秦瓊有沒有參加玄武門之變只是一筆帶過，而且出現了自相矛盾的記載，所以我們只能從其他史料和筆記中去探尋真相。
與《隋唐演義》和《說唐全傳》不同，《隋史遺文》的描述，可以看做是替秦瓊辯誣：在玄武門之變前，秦瓊就已經表明了立場——他兩不相幫，只能稱病在家，眼不見心不煩。
兩唐書都記載了秦瓊「忽然卧床不起」，卻沒說「患病」的時間，《隋史遺文》卻道出了前因後果：「叔寶做人極乖，他見勢頭兩邊必不相容，卻又道：『疏不間親，他兄弟之間不能調和，怎為他挑鬥？』只常託病道：『我數年間戰爭，身上血也流去二三斗，怎得不病？』所以建成不去忌他，把程知節升做康州刺史，段志玄定州刺史，房玄齡、杜如晦都調外任，要去他心腹。」
李建成確實沒有理由去忌恨秦瓊，因為當時誰都清楚，秦瓊真正忠於的是李淵或整個大唐，而不是李淵的某個兒子。
秦瓊的深明大義，其最初的長官來護兒十分清楚：「是子才而武，志節完整，豈久處卑賤邪？」
秦瓊不蹚玄武門渾水，可能還有另外一個重要原因：他爵封翼國公，勛授上柱國，已經到達了異姓武將的巔峰，即使再立新功，李世民也賞無可賞封無可封，而賜姓封王，秦瓊也未必願意——雖然賜姓李當時很風光，但卻可能對不起九泉之下的列祖列宗。
功臣賞無可賞封無可封，就會陷入危險境地：要麼辭官歸隱，要麼抄家滅門。
秦瓊選擇了大隱隱於朝：掛着從一品國公金印，拿着上柱國勛位永業田，朝廷還按規矩給他的家僕侍衛發薪水，但是秦瓊既不上班也不離京，就在李世民眼皮底下「養病」，你好我好大家好，誰也不用猜忌防範。
所謂「秦瓊倒掉李世民賜葯」，正史野史均無記載，連隋唐英雄系列小說中也沒有描述，事實上李建成和李世民都對秦瓊既不拉攏也不陷害：李淵給秦瓊的官爵勛位已經到達頂點，賞賜的金銀財帛，秦家十輩子都花不完，太子和秦王拿不出什麼能讓秦瓊動心的東西，而且二王都知道，秦瓊不會對自己痛下殺手，還不如就當做金字招牌供着——如果玄武門之變李建成贏了，史書就可能記載「秦瓊從誅秦戾王世民」了。
《隋史遺文》雖然也不是正史，但是該書對玄武門之變的描述，卻完全與史書相符，就連房玄齡杜如晦一開始的消極態度，也寫得明明白白。
即使不看《隋史遺文》而僅看兩唐書，我們也會發現秦瓊應該對李世民有點意見，對李建成有點感激：秦瓊最早的戰友、最好的兄弟羅士信，就是因李世民指揮失誤而被劉黑闥殺害的，李建成在魏徵的謀划下幹掉了劉黑闥，也算是替秦瓊報仇了。
有人說羅士信也是羅成的歷史原型，這就很有意思了：把小說中建成元吉坑死羅成的故事寫進史書也可以，只不過需要把建成元吉的名字換成秦王世民就行了。
《隋史遺文》和兩唐書《忠義傳》的描述和記載了羅士信之死的前因後果，讀者諸君對此事當然也會有不同見解，所以咱們可以因此進行推理：以秦瓊的身份地位和性格品質，會鼓動李世民與建成元吉大動干戈嗎？如果秦瓊不選擇中立而是加入一方，他會選擇太子建成還是秦王世民？如果秦瓊看見李淵在尉遲敬德那滴血的長槊下發抖，他又會作何反應？
