理論上，僅限於理論上，不擔任實職的四級調研員確實應該服從所在科室科長的領導和管理，但是實際工作中，科長不會、不能，也管不了科室的四級調研員。
實事求是的講，一旦晉陞四級調研員且被免去市直科長的幹部，雖然還是局管幹部，但其實已經超脫局管幹部，介於市管幹部和局管幹部之間。
在普通地市的市直機關內部，科長屬於市直機關的中層正職，而四級調研員是享受副處級生活待遇的非領導職級幹部。不過，在市直機關里，四級調研員職級屬於相對少數，市直單位一般的幹部，比如純職級的一級主任科員輕易是無法晉陞的。
這就意味着，市直機關的四級調研員通常都是由擔任過科長職務的、資歷較深的一級主任科員晉陞而來。同時，這些老科長在晉陞四級調研員職級以後，會被免去實職科長職務。
換句話說，曾經擔任過科長的純職級四級調研員，要不要服從新任科長的指揮和管理？
講一講理論上的情況。
四級調研員作為職級公務員，雖然也是非領導幹部，但是與職級並行制度實施以前的非領導職務還是存在明顯區別的。
根據相關規定，一主晉陞為四級調研員之後，只是享受副處級幹部的生活待遇，其他方面基本保持不變。
1.幹部管理權限不變，在地市仍然是局管幹部，在縣區仍然是縣管幹部。
2.不具有領導職責，不能像之前的副處級調研員一樣，享受處級幹部的政治和工作待遇，不是單位領導班子成員，所以不會具體分管業務科室。
3.不改變現有的工作職位和領導指揮關係，按照原有的隸屬關係接受領導，服從管理。
簡單從理論上講，沒有具體領導職務的四級調研員就是單位的普通幹部，和其他沒有職務的主任科員一樣，需要接受科長的領導和指揮。
講一講實際中的情況。
現實工作中，大多數市直單位的科長們都不是傻子，至少個人的情商和智商都會雙在線，也絕不會把曾經的領導、現在的四調當成一般幹部來對待，通常都會當成處級幹部看待。
一是市直單位晉陞的四級調研員，大多數都是年齡50多歲、資歷較深的老科長。按照一些慣例和不成文的規定，即便不是四調只是一名資歷很深的老科員，作為科長也未必就能輕易地使喚和調遣，更何況是一名擔任過科長的、年長的四調。
二是四調享受的是副處級的生活待遇，儘管不是副處實職，但是職級在那放着，在機關大家都會很自覺地尊稱為「李局」「王局」，科長們就是想領導指揮，也只能是想想罷了。
三是四級調研員畢竟曾經都是單位的老科長，很多還在不同的崗位輪換過，肯定是新任科長的前輩，在科室包括在單位都是有一定的影響力的，作為新任職的科長，更多的時候需要仰仗四級調研員幫助自己處理一些棘手問題，自然需要對其客客氣氣。
四是四級調研員基本上已經沒有太大太高的追求了，這就意味着個人的後顧之憂很少了，如果哪個科長不開眼執意要跟四級調研員掰扯掰扯，只能是讓自己的科室不安穩。四調在不失時機的添兩句話，局領導就會考慮新任科長的能力和顧全大局情況，只能給自己添堵。
所以，在市直機關中，不擔任領導職務的四級調研員僅僅是退居二線，不用再承擔具體的業務工作，作為科長通常都會對其有着該有的尊重，而不會像對待一般科員那樣指揮調遣。
