关于收束军事和处置皖系残余势力的问题，引起了直奉两系军阀的更大矛盾。徐世昌原拟于边防军溃败之后大举裁兵，以减轻财政负担，但是直奉两系争先恐后地抢夺吸收边防军第一、第三两师的残兵败将，用以扩张自己的实力，徐世昌不敢过问。奉军首先在小站勒令龙济光所部新振武军缴械遣散，随后又将西北军宋子扬旅移驻通县，改编为奉军。直军也将第九、第十五两师接收，改派陆锦为第九师师长，齐宝善代理第十五师师长。不久宋旅在通县哗变，第十五师也在保定哗变，两部均被解散。张作霖疑心通县兵变是直系教唆所致，曾大发雷霆，几乎引起一场纠纷。其实，兵变在当时是极其普遍的事情，山东、湖北都有兵变发生，甚至新调到通县来的号称训练有素的第十一师也因兵变而被解散。
八月七日，边防军第一师师长曲同丰、边防军第三师师长陈文运、第九师师长魏宗瀚、第十五师师长刘询、谦威将军张树元等都受到免职查办的处分。刘询本来属于直系，这次被迫参加进攻高碑店的战争，因而也在被惩处之列。第十三师师长李进才也被免职，但未受到处分，师长一职改由王怀庆兼任。
湖北方面，张敬尧残部由吴新田负责收容，指定在安陆县集中，收容后即以吴新田为第七师师长，受王占元的节制。八月十一日，张敬尧的兄弟、自命为孔明复生的张敬汤被王占元逮捕，也和吴光新一样受到军法会审，九月十日被处死刑。张敬尧看见事情不妙，十月二日从汉口逃走了。
直皖战事初发动的时候，段曾电令吴光新、张敬尧两部到河南进攻直军后方，马良会同安武军李承业部进攻河南东部，驻洛阳的西北边防军两旅进攻郑州。但是吴、张两部在王占元的监视下，安武军在张文生的监视下，西北军在奉军许兰洲和宏威军赵倜两部的监视下，都不能发动。只有边防军第二师师长马良派兵由济南开抵禹城、平原，与直军第五混成旅旅长商德全部在德州对垒。七月十八日，边防军第二师攻占德州，此时边防军第一师在涿州大败的消息传到，马良就不敢再进兵了。战争结束后，山东人民团体和学生代表都提出解散边防军第二师和惩办马良的要求。由于直系鞭长莫及，马良并未受到处分，山东人民团体派人去见马良，告以大势已去，不如自动辞职，马良只得怏怏地辞职赴青岛，所部由山东督军田中玉接收改编。
七月二十四日，驻洛阳的西北边防军宋邦翰、张鼎勋两旅长通电请求改归陆军部直辖。二十七日，吴佩孚复电令其缴械遣散。三十日，西北边防军就在洛阳哗变起来，吴佩孚派王承斌带兵前往勒令解散。此外，在张家口的西北边防军也被王廷祯派兵解散，只有驻库伦的褚其祥旅因为远在边地，独获保全。
直皖战争前，被称为皖系或附庸于皖系的各省军阀有山东田中玉，安徽倪嗣冲，浙江卢永样，福建李厚基，山西阎锡山，陕西陈树藩、刘镇华，甘肃张广建等。阎锡山曾出兵娘子关，刘镇华也曾出兵潼关，企图策应边防军作战，由于战争迅速结束，他们都悄悄收兵退归原防。直皖战争结束后，陈树藩鉴于自己的冰山已倒，想与陕西民军弃怨讲和，把他所俘获的民军司令胡景翼释放出来。胡景翼回到三原后，于九月一日改称陕西靖国军总指挥，仍与陈树藩为敌。张广建久为甘肃人民所切齿，他与陇南镇守使孔繁锦勒令农民种植鸦片，每亩抽收库平六两六钱，又派兵士保护运输烟土，每百两抽收十元，引起全国舆论的攻击，北京政府打算借口违法种烟予以撤换。十二月二十七日，宁夏护军使马福祥、甘边宁海镇守使马麒、凉州镇守使马廷勷、导河镇守使裴建准、甘州镇守使马麟联名通电指斥张广建仇视回教，侵吞公款，宣布与之脱离关系。同月三十一日，北京政府调任绥远都统、第一师师长蔡成勋为甘肃督军，调任马福祥为绥远都统。
直皖战争结束后，山东人民展开了废除督军的运动，但因督军制一时尚不能废止，便又请北京政府改派吴佩孚继任山东督军。田中玉因不安于位而自请辞职，十一月五日发出通电，“废督请自中玉始”。田中玉不是色彩鲜明的皖系军阀，在直皖战争时又曾一度劝阻马良出兵，所以直系对他尚无恶感，地位得以保全。
上海和浙江是皖系保存下来的最大据点，而卢永祥拥有北洋军第四、第十两师的雄厚兵力，也不容易被人打倒，因此卢永祥、何丰林的地位能够维持不动。福建督军李厚基北与浙江打成一片，南与粤军陈炯明订有停战条约，直系对他只能置而不问。
战后争夺地盘的核心在安徽。安徽督军倪嗣冲在皖系军阀中是个著名死硬派，此时病势沉重，在北戴河养病未归。直皖战争结束后，安徽人民也和山东一样展开了废除督军的运动，但又表示如果一时不能废督，则请派冯玉祥继任安徽督军。另一方面，安徽督军一职成为直奉两系军阀你争我夺的目的物，张作霖竭力保举他的儿女亲家张勋继任，李纯也保举徐海镇守使张文生升任。张勋是全国人民所唾弃的复辟首犯，安徽人民和各方面都激烈反对他继任安徽督军，于是张作霖又保举另一儿女亲家鲍贵卿调任安徽督军。徐世昌本来打算派姜桂题为安徽督军，因为直奉两系对此席竞争甚烈，也就不敢提出了。
李纯保举张文生是别有用心的。张文生是张勋的旧部。以前张勋失败后，北京政府采取怀柔政策，派张文生为徐海镇守使，叫他驻守原防收抚辫子军。而徐海一带本系江苏督军的辖地，李纯久想设法收回。这次保举张文生就是把他推出门的一个作法。张文生为了讨好张作霖，曾表示欢迎自己的老上司张勋回任安徽督军。后来北京政府用他项利益交换张作霖的同意，于九月十六日发表命令，派张文生继任安徽督军，并提升李纯兼任长江巡阅使。
