其实，早在清朝廷逐渐掌握了中原王朝的权力之后，最让他们头疼的莫过于郑成功的海军，因为在陆地上自称无敌的大清，在海军方面被郑成功打得毫无还手之力。
打不过郑成功，其实也很正常。
因为清朝起于关外，擅长骑射和陆战，对海战却知之甚少。
1660年，满洲将军达素率300艘战船攻厦门，被郑成功水师击溃，士兵尸浮海面，让大清不敢再轻易跟郑家在海上作战。
在1646年时，郑成功以厦门鼓浪屿为基地，组建水师，兵力超3万，战船数百艘。
他以金门、厦门、铜山等岛屿为据点，通过与日本、菲律宾通商筹集军费，打造出一支纵横闽海的强军，1654年，郑成功率水师北伐，攻入长江，破镇江，登金山，震撼清廷。
1659年，他再次北伐，威胁南京。
1661年，郑成功率2.5万兵力从金门出发，攻占澎湖，登陆台湾，迫使荷兰殖民者投降，而施琅当年就曾经参与这些战役，所以他深知郑军水师的战术有五板斧：
火炮远攻，火箭近射，钩拒肉搏，配合岛屿据点，控制海域。
郑成功当年深知海上补给的重要性，只要能够稳定后勤补给，建立好完整的后勤补给基地，那么依靠强大的造船能力，郑家的海军实力永远能够压制清朝。
其实按照郑成功的模式发展，大清是难以击败郑家海军的，虽然不至于丢掉大清江山，但是郑家打出抗清的旗号，清朝廷拿他们一点办法也没有。
之所以会有了收复台湾的转机，就是因为1662年，郑成功的逝世改变了局势。
在郑成功离去之后，他的长子郑经与叔父郑袭争位，家族内讧导致将领离心，在他们夺权的背景之下，郑鸣骏、林顺等将领心生不满，士气低落，郑经后来决定从海澄退守金厦，再退至铜山，最终龟缩台湾，基本丧失福建沿海据点，如此一来，就给了大清机会。
施琅作为郑成功曾经的得利干将，因为资历比较老，所以让郑成功有所忌惮，加上施琅在郑家的部将中表现确实有些嚣张跋扈，后来，郑成功软禁了施琅。
1952年，施琅的家人被郑成功处决，施琅悲愤欲绝，当年他就已经跟随过郑家人投降过大清，后来反叛大清，他也还是跟随着郑成功，如今郑成功如此对待她的家人，令他们之间的情谊已经毁于一旦，施琅因此铁下心投靠大清，彻底消灭郑氏，也同样以此帮助大清收复台湾。
得到了施琅之后，再康熙十七年，康熙帝重新设立福建水师提督，任命万正色负责督造战船，万正色从浙江、广东调集船只，筹备火炮，至1680年，清军水师拥有470余艘战船，远超郑军的200余艘，在这个过程中，施琅亲自监督船厂，检查每艘船的火炮配备，确保射程达到1里，只有这样的船只，才能够与郑家的海军对抗。
因为郑家的海军船只数量非常多，如果未来要对战，就必须要提高大清海军每一艘船的防御能力，所以，施琅毅然决定加固船体，增加淡水和粮食储备，提升续航力。
在这样的安排下，大清海战所需要的船只是有了，但问题是，船只上面的海军从哪里来呢？
施琅在这个时候提出一个很好的建议，那就是大规模接纳从郑家逃过来的各类人才，甚至是把他们给争取过来，这能够削弱郑家的实力，也能够充实大清海军的实力。
在1678年至1680年这两年时间里面，郑军方面的文武官员3985人、士兵40962人投降清朝，这些都是精锐中的精锐，在他们投降过来之后，施琅与姚启圣共同承诺，郑家的降将保留官职，降兵则是发放饷银。
也是因为这个原因，郑成功旧将吴英、陈龙、朱天贵、陈昌等人加入清军，成为施琅的得力副手，这些人都是施琅过去的熟人，把他们挖了过来，也就等于把整个郑军的核心挖了过来，决定作战之前，施琅与他们商议战术，分配任务，确保舰队协同作战。
比如施琅就安排吴英制定兵法：
“你熟知郑军战法，需全力辅佐。”
这一切人员和物资都准备好之后，收复台湾的战斗就提上日程，因为姚启圣在组建这支新海军的过程中，做了很大的贡献，所以他对于海战也有着一定的话语权，他向朝廷提出，应该在北风到来的季节进攻台湾，但是，施琅却提出了完全不同的看法看。
首先，他反对姚启圣在北风季进攻的建议，认为东北季风猛烈，易引发船队混乱。
然后，他向朝廷建议，大军应该选择6月出征，理由是利用西南风的柔顺特性，让整支海军不必受到海上环境的太多干扰，同样的，这种柔顺的风，也便于船队编队航行。
朝廷同意了施琅的看法，在确定收复台湾的计划后，施琅开始召集将领，分析澎湖的地形和洋流，而所有将领都达成一个共识：
“澎湖是台湾咽喉，拿下澎湖，郑氏无路可退。”
于是，施琅派出探子刺探郑军布防，得知刘国轩在澎湖驻守，拥有200艘战船和1万余兵力，依托岛上炮台，占据地利。
了解了敌人的主要防御部队之后，施琅下令整备船舰，确保每艘船配备10门火炮和充足弓箭，他也根据过去跟随郑芝龙，郑成功的经验，在战前亲自检查水兵训练，并且要求士兵在模拟风浪中练习射击和钩拒操作。
为了保证作战顺利，施琅还安排后勤补给，在铜山储备3个月的粮食和淡水，确保船队续航，当时的整个清朝，其实没有多少人了解海军，关于海军的建设是一个空白，更别说海军的纪律了，而施琅能够带好水兵，根源就在于他了解海战，最需要的就是秩序。
他常常对水兵说：
“海上作战，纪律为先，临阵不可慌乱。”
他还组织舰队演练阵型，确保各船既能独立作战，又能整体配合。这些准备使清军水师成为一支组织严密、指挥统一的队伍。
1683年6月，施琅率200余艘战船、1万余名士兵从铜山出发，借西南风直扑澎湖。
面对大清海军的出动，郑军主将刘国轩早有防备，而后依托澎湖岛的炮台和地形布防，作为最了解郑军防御结构的施琅，他深知正面强攻代价非常之高，如果在打开防御的过程中损失过多，那么登陆作战就后继无力，反而还会拖累整体的作战进度。
于是，施琅先派副将吴英率20艘快船佯攻澎湖外围，扰乱郑军阵型。
另一方面，施琅命令陈龙指挥30艘鸟船佯装撤退，诱使刘国轩分兵追击。
7月，澎湖海战进入高潮，施琅集中主力，编成五船对一船的阵型，围攻刘国轩的旗舰，清军火炮齐射，射程已经能够覆盖1里的范围，顿时间，清军船上的火箭和弓箭密集发射，在密集的火炮攻击下，郑军船只接连起火。
为了鼓舞士气，也让大清的海军彻底成型，在最危险的船头，施琅站在那里亲自督战，他站在旗舰甲板上喊道：
“稳住阵型，集中火力！”
看到主帅在船头呐喊，丝毫不畏惧敌舰的炮火，水兵们也在风浪中操作火炮，击毁郑军数十艘战船。
就在决战最激烈的时候，朱天贵率领20艘蓬船，从侧翼包抄，切断郑军退路，这一次的海战双方激战七天，因为施琅的战法，郑军损失过半，刘国轩只能退守岛上，而施琅趁势登陆，攻占炮台，彻底击溃郑军。
郑军眼看澎湖失守，这也就意味着，台湾本岛门户大开，郑氏政权也将失去最后屏障，一时之间，全军士气崩溃。
面对这个情况，施琅并没有赶尽杀绝，也是念在过去的情谊上，派使者劝降，施琅更加知道，在台湾的这些士兵们，每一个都是好水手，未来能够充实大清的海军，而此时，郑经的继承人，也是他的次子郑克塽深知大势已去，选择投降。
1683年10月，施琅率军进入台湾，设立府县，安抚民众，确保局势稳定。他上奏康熙，称：
“台湾归附，东南海疆永固。”
康熙帝嘉奖施琅，称其“功勋卓著”。
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