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连续获得了法兰西与德意志《国是诏书》的承认，1439年，巴塞尔会议进步将宗教会议高于教皇的理论提高为信仰教条，并接着以宣布尤金四世为“顽固的异端分子”、废除其教职的实际做法展行了这一决议。
然而，会议片面地规定要进行教会头部的改革，因此引起了新的冲突。
他们规定要取消首年捐，总主教的披肩带的经费、各种教廷办公费以及一切不包括在教会公法中的“保留规定”，要求教皇选举的重新组织以及限制枢机团的人数为24个人。
这些规定在罗马教廷引起强烈的反感。最后，“合一大会”的问题导致了公开的分裂。
有关教廷收费的改革使得教以往所赖以生存的捐税如今大部分被废止，但会议又未找到体面的替代办法来维持教廷的开支，这样深深地触动了教阜的权力利地位，增加了教会对会议的愤恨，参与并主持改革的尤金四世不可能采取配合念度。
恰恰此时拜占庭东正教方面的求援声更加急切。东罗马帝国皇帝约翰八世为了取得西方的帮助，同君士但丁堡主教约瑟夫二世以及很有天才的尼西亚大主教贝塞里恩”热心推动，希腊教会和拉丁教会谈判联合问题。
在康斯坦茨会议结束天主教会大分裂后，尤金四世正好利用与希腊教会谈判的机会借助于实现整个基督教会的合一的历史契机，提出为使谈判有效将大会迁离巴塞尔至意大利北湖、靠近爱琴海岸的某个城市，以使公会议处于自己掌控中，维护巩固教皇权。
教皇和巴塞尔会议派都想趁此机会给白己捞取政治资本。巴塞尔会议的大部分与会者反对尤金的提议，少部分人同意迁离以德意志为背景的巴塞尔，迁到靠近法兰西的阿维尼翁，反对到罗马不远的意大利某城。
只有很少的一部分人支持尤金。尽管如此，尤金仍然坚持迁移会址，毫不妥协。1437年重演了1431年的过程，会议传唤教皇到会听审。
接着尤金四世宣布解散会议,于1437年9月18日通过教皇令规定大公会议必须迁移到意大利的费拉拉，因为他已经和希腊的皇帝约定这个会议场所。忠于教皇的人离开巴塞尔到费拉拉去参与商讨与希腊教会的合一问题。
但是，这一次会议没有解散，参与这个会议的主要是博士和下层神职人员，会议主席塞萨里尼和库萨的尼古拉仍然支持会议理论和教会改革，并于1438年1月宣布教被撤职，召开了全国性宗教会议，宣布承认历届宗教大会关于会议优先权、定期召开全体会议以及有关教会改革的法令。
与之相应，1438年1月8日尤金在费拉拉召集大公会议，绝罚了参与巴塞尔会议的人。这次会议的主要议题是结束巴塞尔会议和教会合一问题。费拉拉会议被视为巴塞尔会议的续会。这样，巴塞尔会议与弗拉拉会议同时进行。
继教廷分裂、枢机主教分裂、教皇与枢机主教分裂之后，基督教会又出现了宗教会议大分裂。1438年3月，东罗马皇帝带了许多东方高级神职人员也到达费拉拉，这使基督教世界充满了重新统一的希望。
只是由于东西教会“和子句”的争论，东西教会合一问题并未取得进展。由于大量的与会人员经费问题，会费拉拉会议于1439年迁往为会议提供经费的佛罗伦萨举行。
希腊教会和拉丁教会间进行了长期磋商，于1439年7月6日达致协议，宣布重新统一。东方教会各宗主教仍保留了原有的职权，承认罗马教会首席权。
希腊人仍保持其礼仪的特点，其神父仍可结婚，而信经中有争议的“和子”句得到希腊人承认，但不得加入古代信经中。
在希腊人离开之后，佛岁伦萨会议继续进行，一方面因为巴塞尔会议在1439年5月宣布弹劾了尤金，并于1439年11月5另选新教皇非利克斯五世与尤金四世对抗。
另一方面佛罗伦萨会议还需要解决另一些合一问题，原属于“基督一性论”的亚美尼亚教会于1439年11月22日在《亚美尼亚人的法令》正式与罗马教会合一。
在埃及和埃塞俄比亚的属于“基督一性论”的雅各伯教会于1442年2月与罗马教会合一，于是在1442年年底，教皇规定这个会议应该迁移到罗马的拉特兰宫。
在罗马，叙利亚东部的雅各伯教会于1444年9月与罗马教会合，部分的聂斯托利派和塞浦路斯岛上的马若尼特教会于1445年8月接受与罗马教会的合一。
东西教会的合一及拉丁教会内部派别的合一使教皇尤金四世的威望大大提高，而巴塞尔方新选教皇只得到了萨伏伊、瑞士和一些德国君主的支持，这使巴塞尔会议大为逊色。
在这样的形势下，世俗王国必然会表现出各自的教会立场。尤金四世利用各国间的矛盾，巧施外交技巧使其他地区越来越多地转向自己。
尤金于1443年承认阿拉贡和西西里的王为西西里和那不勒斯的合法国王。对法国国王任命主教德意志皇帝在其世袭的哈布斯堡领地上任命主教等问题作些让步。
教皇许诺给他加冕，在教会职位的提名权上向皇帝让步，又提供了一些经济利益。其中尤金四世利用德意志的分裂和虚弱与其达成《维也纳政教协定》，对于“巴塞尔”的小型会议来说，这个协定等于是致命的冲击。
自从1443年以后巴塞尔会议再没有召开过正式的会议。德意志从1445年起逐渐转向尤金教皇。1448年2月17日，德、法两国君王宣布不再支持巴塞尔会议和会议所选的菲利克斯五世。尤金四世获胜了，他死后在罗马由尼古拉五世“继任。
巴塞尔会议为掩饰其失败，又选出尼古拉五世为菲利克斯的继承人，这样纠纷重重的巴塞尔会议终告结束庇护二世上任后，在1460年1月，罗马教廷颁布了《诅咒训》，宣布教皇向宗教大会提出的所有申诉统统无效，凡提出申诉者均要遭到极严厉的教会惩罚。
尽管公会议权力高于教皇的思想还存在，并在宗教改革时代很有威力，但巴塞尔会议的惨败，使教廷由专制制度转为立宪制度的希望完全破灭了，或者说，使通过召开公会议来实现必要的改革的希望破灭了。
1512一1517年拉特兰第五次会议驳斥公会议权力高于教皇理论。公会议主义运动以失败告终。公会议主义运动的失败与公会议派塞萨里尼、庇护二世以及库萨的尼古拉等在会议后期转向了君主制教会政府密切相关。
看到巴塞尔会议上党争频仍，派系林立的情况，他最后把实现宪政的希望寄托在了教皇和皇帝身上。他相信，以强有力的暴力为后盾，皇帝是能够担当起在世俗生活领域内进行宪政改革之重任的。
强有力的君主与以社团为基础组织起来的立法机构密切配合，是能够为教会的利益有序推进改革的。尼古拉在使德意志等转向尤金中起了关键的作用。
另一方面，尼古拉爱好古典文学，是个人文主义者，与人文主义者过往密切，劝他转向尤金。他汄为教皇是教会的代表，库萨也从来没有要放弃教皇制立场。
尼古拉政治、社会和哲学思想的根基是人文主义，他追求政治地位和财富，他汄为老百姓愚蠢、易犯错误，在做决定时往往缺乏理性。这种偏见同时也左右着他对宗教大会代表的看法。
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