李治和武则天一看强压着长孙无忌、褚遂良表态这条路行不通。但是他们也发现了另一个顾命大佬李勣的微妙态度，只要讨论废立皇后的会议李勣都是请病假，这其实就代表了李勣对这件事的微妙态度。但是俩人也不敢肯定，于是派出心腹秘密的到李勣家里去探口风，李勣的回答也非常标准，“这是皇帝陛下的家事，问我们这些外人干什么？”
有了三巨头中的李勣的公开支持，长孙无忌也不好意思公开反对了，废后的事一锤定音，在公元655年十月十三日，李治终于颁下诏书：以“阴谋下毒”的罪名，将王皇后和萧淑妃废为庶人，囚于别院，她们的父母、兄弟等也被削爵免官，流放岭南。七天以后，李治再次下诏，将武则天立为皇后；与此同时，又将反对最力的宰相褚遂良外贬。十一月初一日，举行了册立武则天为皇后的仪式。这一年李治27岁，武则天31岁。
在接下来的几年里，李治和武则天开始培植以李义府、许敬宗等文官集团中的小官开始抗衡以长孙无忌为首的于志宁、韩瑗、来济等老派文臣，当新派羽翼丰满之后，在公元659年将长孙无忌、于志宁、韩瑗、来济等人削职免官，贬出京师。李治这个小皇帝通过十年的时间，顺利的坐稳皇位，并平稳、成功的清除了父亲李世民时代的老臣和宗室中对他有威胁的所有人，顺利的完成了一朝天子一朝臣的权力交接。
李治和武则天完成权力交接的过程是古代君主教科书式的权谋手段，一朝天子一朝臣是历史规律，除了技术官僚（包括军人）向来都是要更换的，这个过程可以说暴烈的，手段包括诛杀、软禁、赎买等等，但是有一个原则就是更换过程中要对国家正常运行产生的负面要尽可能的小，很多君主在这个过程中处理的过于操切，导致朝政震荡、甚至亡国的不在少数，李治、武则天两口子拿出了十足的耐心，用了十年时间培养自己体系内的官僚，在他们成熟之后，慢慢的完成了替换，在他们将长孙无忌等罢黜的时候就顺理成章并且无限丝滑，几乎没引起任何震动。不得不佩服他们的手段、耐心、心性。而其他人在模仿武则天行事的时候，只学到她的行而没学会其中的实，效果也迥然不同，例如她儿媳妇韦氏。
王皇后和萧淑妃的下场就非常凄惨了。她们被废之后被关在一个破落的小院，武则天是个事业型的女强人，所有的心思都扑在工作上，不免就忽视了李治，寂寞的李治经常跑去看王皇后和萧淑妃，毕竟萧淑妃和李治有一段非常美好的回忆。李治看到小院非常逼仄，被封闭的非常严密，只有一个递送食物的小窗户跟院外连接。想到过往的情谊，李治不免心生怜悯，“皇后、淑妃，你们还好吗？”王皇后和萧淑妃听到丈夫的关爱的话语不禁悲从中来嚎啕大哭，王皇后说：“陛下，我们的已经没有名分了，就不要再称呼皇后、淑妃了，如果您顾念昔日的情分，就把这个院子改名叫回心院吧，让我们重见天日，我们也就满足了。”李治满口答应。
武则天听说之后大怒，这要把她们放出来，自己随时有可能被翻盘啊，于是瞒着李治把王皇后噩耗萧淑妃打了一百大板，打的骨断筋折，然后武则天非常有创意的发明了一种新的折磨人的方法，他将王皇后和萧淑妃砍掉四肢泡到两个大酒缸，武则天还给这种刑罚取了一个“骨醉”的名字。王皇后和萧淑妃受到非人的折磨了几天都没死，武则天也失去耐性，于是让人勒死王皇后和萧淑妃。王皇后临死前坦然受死，“我早就知道，跟你斗法失败早晚是个死。”萧淑妃则大怒：“阿武妖媚狡猾，才导致我沦落至此！但愿来世，我化作猫，阿武为鼠，我要生生世世掐着她的喉咙！”于是武则天下令宫中不许养猫。日后，武则天多次梦见萧淑妃和王皇后出来作祟，披着头发流着血像死时的惨状一样。于是武则天从太极宫移居到了蓬莱宫（即大明宫），不久再次梦到她们，从此多居洛阳，终生不归长安。等李治知道的时候，只剩下王皇后和萧淑妃残缺不全的尸体，一切都晚了，于是默认了，王氏族人、萧氏族人全都流放岭南，并追改王氏的姓氏为“蟒”，萧氏为“枭”。
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