1368年，明太祖朱元璋推翻了忽必烈建立的元朝。忽必烈后裔妥惧帖睦尔被赶回蒙古，并于1370年5月23日逝世于沙拉木伦河畔的应昌。在把妥惧帖睦尔驱逐出国境之后，汉人也随之进入了蒙古地区。
妥惧帖睦尔的儿子爱猷识理达腊在哈拉和林称汗，并盼望着能重登中国的帝位。然而，他不但不能实现这一愿望，还要面临深入蒙古地区的中国人的攻击。
1372年，明朝名将徐达率军进攻哈拉和林，但在土拉河畔受阻。1378年，爱猷识理达腊去世，其子脱古思•帖木儿继位，此时的蒙古帝国已缩小到它最初的规模。1388年，明朝派10万明军进入蒙古境内，在合勒卡河和克鲁伦河间的贝尔湖南岸大败脱古思的军队，脱古思被自己的亲戚暗杀。这次失败不但让忽必烈家族威信扫地，还直接导致了蒙古的分裂，许多蒙古部落纷纷宣布自治。
在这些反叛的蒙古部落中，鬼力赤是忽必烈后裔的主要部落乞儿吉斯部的王公首领。他否认了忽必烈后裔额勒伯克大汗的宗主权，并于1399年起兵杀死了他，从而取得了统治蒙古各部的霸权。
明朝永乐帝很乐于见到这一结局，它增加了蒙古内部的纠纷。由于没有了蒙古人卷土重来的忧患，永乐帝也就承认了鬼力赤的统治。不久，鬼力赤便被两个反叛部落的首领打败，他们分别是阿苏特部的阿兰人首领阿鲁台和瓦剌特部首领马哈木。二人为了赢得北京朝廷的支持，遂向永乐帝表示臣服。
事实上，瓦剌部想趁机将其霸权范围从贝加尔湖西岸扩张至额尔齐斯河上游的整个西蒙古，并计划向伊犁扩张。但是，蒙古中部和东部仍然是群龙无首、各自为政的混乱局面，鬼力赤的儿子额色库到死都在与阿鲁台和马哈木争夺最高汗位。
然而，1403~1404年，以额勒伯克之子额勒锥•特穆尔为代表的忽必烈家族复辟了。随后，阿鲁台被争取到了他这边，马哈木则和明朝关系和睦。明朝对忽必烈家族的复辟深感忧虑，在要求额勒锥•特穆尔承认明朝宗主权遭拒后，永乐帝遂派大军入侵蒙古。明军在斡难河上游平原击溃了阿鲁台和额勒锥•特穆尔。这次失败带给额勒锥•特穆尔的打击是致命的，这位复辟者的权威已然是荡然无存。
1412年，瓦剌部首领马哈木彻底击垮额勒锥，夺回了蒙古的霸权。
直到此时，马哈木一直与明朝永乐帝保持着友好关系，因为瓦剌人需要借助北京朝廷的支持来对付忽必烈后裔和东部的其他蒙古首领。然而，当他的势力逐渐强大起来以后，便果断与一直支持他的明朝断交。1414年，永乐帝再次派兵入侵蒙古，尽管明军伤亡较大，但马哈木还是未能阻止明军进入蒙古草原。
1422年，阿鲁台再次
拥额勒锥•特穆尔为大汗。他洗劫了甘肃边境，直抵宁夏，当永乐帝匆忙赶来回击时，他又穿过戈壁向北撤走，逃之夭夭。不久，阿鲁台弑君自立为大汗。1424年和1425年，永乐帝两次起兵征讨，都毫无结果。在明军的牵制下，马哈木的儿子脱欢打败了阿鲁台，瓦剌人再次和明朝站在一起。
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