永元元年(北魏太和二十三年,公元499年)八月,在诛杀江祏后,萧宝卷召萧遥光入殿,告诉他江祏等人的罪状。这让萧遥光害怕不已,回到中书省就装疯号哭,从此称病不去中书省履职。
看到这有人可能会觉得不可思议了,这萧遥光之前不是还信誓旦旦准备自立为帝吗?现在为何这般模样?因为在萧遥光最初的设想中他是准备和自己的弟弟萧遥欣一起行动的,他自己密谋举兵占据东府,萧遥欣则从江陵发兵顺流而下。谁知刚要起事之际,萧遥欣却病死了,然后江祏等人又被杀了,这能让萧遥光不害怕吗?
萧宝卷当然也清楚萧遥光的事,但考虑到他的声望后,决定任命他为司徒并让他在自己家中休养从此不再过问政事,于是就召他入朝听旨。已是惊弓之鸟的萧遥光担心入朝后就会被杀,便决定铤而走险,在八月乙卯日(十二日)傍晚召集部曲占据东府,以讨伐刘暄为由起兵作乱。萧遥光趁着夜色率百人杀进东冶释放囚犯,又从尚方(兵工厂)夺取武器,随后找来了骁骑将军垣历生一同参与叛乱。垣历生到后与萧遥光亲信刘沨一起劝萧遥光趁夜迅速拿下台城,可萧遥光却因为疑心不敢出兵,直到天稍亮,才身着戎装登城行赏赐。垣历生赶忙再劝他出军,此时的萧遥光希望台城内部自己生变,于是再次拒绝了建议。
为了让自己造反显得有理有据,萧遥光又派人去劫持萧坦之,结果被萧坦之裸身跳墙逃脱。逃跑后的萧坦之路遇游逻主颜端被擒,将情况告知,颜端亲自验证实情后与萧坦之一同入台城,并带着一支两百人的队伍从西掖门入殿守卫。另一边萧遥光也派人去劫持沈文季,也遇到了同样的情况。这下子台城内禁军开始聚集,但因为情况不明,还是不免有些人心惶惶,直到徐孝嗣奉诏入台城后人心才开始安定。
丙辰日(十三日),萧宝卷正式下诏开始反击。他命尚书符遥光口述萧遥光罪状,又下令戒严并赦免京城囚徒。徐孝嗣、沈文季以下负责屯卫宫城,萧坦之则率军前去讨伐萧遥光,屯兵湘宫寺,镇军司马曹虎则屯兵青溪大桥中,左兴盛屯兵东府东篱门,三面围攻东城并火烧司徒府。萧遥光见状派遣垣历生从西门出战,禁军竟然屡遭败仗,军主桑天爱更是惨遭杀害。萧坦之等人于是改变策略决定围困萧遥光。
这招果然起到了效果,戊午日(十五日),先前被萧遥光挟持入东府的萧畅与沈昭略偷偷出南门渡淮水逃入台城,此举让东府内众人的情绪一落千丈。这还不是最糟的,次日垣历生从南门出战,谁知他竟然弃槊投降曹虎,但曹虎并未放过他将其杀害。最能打的垣历生都投降了让萧遥光怒不可遏,下令杀了垣历生的儿子,至此萧遥光所部彻底没了斗志。
到了晚上萧坦之等人也发动了总攻,攻占了东府。大势已去的萧遥光回到小斋,穿上衣服和帢帽坐着,手里拿着点燃的蜡烛照明,下令关起所有房门让部下拒敌。但这时哪还有人愿意为他卖命,全部散作一团逃了。左右都逃出屋。禁军军主刘国宝、时当伯等此时也已杀到,萧遥光听见动静赶忙吹灭蜡烛躲在床底。但很快就被破门而入的禁军从床底拽出斩首。至此,仅持续了四天的萧遥光作乱被轻松平定。
己巳日(二十六日),萧宝卷开始就此次平叛论功行赏,徐孝嗣被任命为司空,沈文季被任命为镇军将军,原本担任的侍中、仆射之职不变。萧坦之被任命为尚书右仆射、丹阳尹,原来的右将军官职照旧不动。刘暄被任命为领军将军,曹虎为散骑常侍、右卫将军。南齐朝廷似乎又恢复了稳定,可事实真是这样吗?