颜宁教授深耕的离子通道方向还能做生信？8分+附带离子通道基因集

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11月1日，著名科学家颜宁宣布将离美归国，创建深圳医学科学院的消息引发众多科研人和网友的关注

颜宁教授致力于攻克结构生物学中最富挑战的领域之一——膜蛋白的结构与功能研究，并且对离子通道结构生物学领域做出重要贡献。那么她的回国势必又会带来“离子通道”领域一股新的研究风潮

自诩走在科研前线的生信人，小云肯定要去追一波热点

虽然这个方向大多是做实验的但出于一个生信人的直觉，小云第一想法就是赶紧看看它能不能做生信？

要不说女生的直觉还是相当准滴，嘿嘿，真的可以做生信（不过就是已经有人走在小云前头了，那咱也不能落后，继续找突破点）。

目前已有的离子通道相关生信文章多是针对某个通道基因去做单基因分析的，利用离子通道基因集合往下做预后模型或疾病分型的文章并不多，思路也比较简单，分数还不低，突破点这不就来了嘛~ ~ ~

有了突破方向第一时间就是跟我的粉丝朋友们分享，8分+生信思路打个样，先透露一句：这个思路真的相当简单了，文章直接给出了离子通道相关基因集合（可以直接拿去用哦），复现起来so easy，送到手边的极易复现生信思路，可以冲！

• 题目：基于离子通道基因的头颈部鳞状细胞癌预测模型:预后评估和治疗指导
• 杂志：Frontiers in immunology
• 影响因子：IF=8.786
• 发表时间：2022年10月

研究背景

离子通道是跨膜蛋白，选择性地将离子转运穿过细胞膜。离子通道几乎存在于每个细胞中，并在各种生理活动中发挥作用，包括兴奋性、细胞周期进程、收缩和代谢，所以离子通道功能的缺陷损害了关键的细胞过程，导致各种通道疾病的发生。同时，离子通道也与肿瘤细胞生物学相关，例如它们在调节基因表达、细胞迁移、细胞增殖、肿瘤免疫调节和其他肿瘤病理生理过程中起重要作用，因此离子通道在肿瘤诊断、预后和作为膜治疗靶点方面的价值已受到广泛关注。

数据来源

研究流程及主要结果

在TCGA-HNSCC队列中使用单变量Cox回归分析，鉴定与HNSCC预后相关的离子通道基因。根据离子通道基因表达使用K-means算法进行聚类分析，共聚类为2个亚型，并比较两亚型间的免疫浸润状态。根据单变量Cox分析的结果，在TCGA队列中使用LASSO分析进一步筛选出与预后相关的基因，构建预后模型。随后进行KM生存分析，利用ROC曲线验证其预测性能，建立列线图。分析风险评分、肿瘤免疫浸润和基因突变状态之间的关系。评估风险评分对免疫治疗反应的预测能力和药敏性与风险评分的相关性。最后，通过qPCR、WB和IHC检测了特征基因的表达水平。

主要结果

1. 筛选与HNSCC预后相关的离子通道基因

将323个离子通道基因在TCGA队列中进行单变量Cox回归分析，鉴定出20个与HNSCC预后相关的离子通道基因。

2. 基于离子通道基因的聚类分析

根据20个预后相关的离子通道基因使用聚类分析对HNSCC患者进行分层，聚类为2个亚型并评估了这两个亚型的免疫浸润情况和DEGs的功能富集分析。

3. 离子通道基因风险模型的构建和验证

使用LASSO回归分析进一步分析了20个基因，筛选了12个基因以建立预后模型，进行KM生存分析并利用ROC曲线验证其预测性能。此外，创建了一个包含临床指标(分期、N和T)和风险评分的列线图，以更好地预测HNSCC病患者的生存时间，并利用DCA曲线验证其性能。

4. 离子通道基因的突变分析、风险评分与肿瘤免疫的相关性分析以及风险评分对免疫治疗反应和化疗敏感性的预测分析

5. 在肿瘤组织中利用qPCR、WB和IHC验证特征基因的mRNA和蛋白表达

小 结

这篇文章利用离子通道相关基因进行肿瘤分型和构建风险模型，整体分析内容属于肿瘤生信常规分析，清晰全面，最后的离子通道基因表达验证也只需最常规的qPCR、WB等实验即可，没有复杂的膜片钳技术（不用担心离子通道蛋白验证实验太复杂啦）。

因为目前离子通道研究通常是以实验为主，所以拿来做生信创新性绝对没的说，轻松可以发到8分+！并且文章还提供了离子通道相关基因集合，直接可以拿去用哦，复现起来小菜一碟！

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