推进与德意志新教同盟的协商
1534年，教皇克莱门特七世在忧愤中死去，继任教皇是保罗三世。
为避免重蹈覆辙，保罗迫切希望能通过召开一次大公会议来解决近年来产生的宗教纷争以恢复罗马天主教会昔日的荣耀。
无论是亨利还是德意志新教王公，他们都对这个即将召开的宗教大公会议感到忧虑，因此在这一问题上共同的利害促使双方趋向接近。
巴恩斯与德意志新教神学家的密切联系以及此前他展现的出色外交技巧，令他再一次被大臣克伦威尔选中作为英国与新教联盟之间的联络人。
1535年7月，这位皇家使节被送至德意志，英王给他下达的详细指令表明他对英国此时政治形势深感担忧。
指令主要内容有这样三点:
第一，巴恩斯此行应代表国王鼓励新教联盟的王公坚定反教皇权立场，并获悉王公们在公会议上将维护的基本原则。
第二，表达亨利想要加入新教联盟的意愿，并展示英国国内的布道书以证实亨利推动改革的意志，声明英国随后将派遣一个正式使团来访，希望能受到王公们的热情接待。
第三，表达亨利改革福音滥用问题的决心，并且诚邀神学大师梅兰希顿来英国展开神学研讨。
为表明巴恩斯的使者身份，以博取德意志王公的信任，英王特意颁授了一份委任状，并在上面亲切称巴恩斯为博士。
9月巴恩斯到达维腾堡，目的是寻求他在德意志旧友对此番行动的支持。
几天后，一封签署着路德、布根哈根、乔纳斯以及克鲁齐格名字的联名信函给了萨克森选侯，他们在信中请求选侯准予接见巴恩斯。
但是由于还未清楚彼此的立场，这次的接见纯粹属于私人性质，连向来固执的路德都满怀信心地说道:“谁能预料到上帝会怎么做呢?他的智慧与意志远不是我们所能想象的。”并鼓励大臣布鲁克努力促成巴恩斯与选侯的私人会面。
巴恩斯在德意志人中间受到的普遍尊敬，在这些信件中体现出来，即便是曾与亨利发生过激烈争论的路德，也对英国与新教同盟联合的前景充满了期待。
而此前英国派出的使者斯蒂芬·沃恩、克里斯托弗·蒙特以及佩吉特与德意志的诸侯进行协商却接连遭遇“滑铁卢”，这就更体现出巴恩斯作为被个德意志人所接受和信任的使节的价值。
令人欣喜的是，巴恩斯与萨克森选侯弗雷德里克的私人会面进行地十分顺利路德和梅兰希顿都在写给友人的信中告知他们:“选侯像接待老友一般接见了安格卢斯博士，两人聊得十分投机。”
选侯在与大臣布鲁克的几番通信之后，乃决定于9月21日在耶拿(Jena)为巴恩斯安排一次正式会议。
在此次会议上，巴恩斯向选侯呈递了英王拟定的文书，并且向选侯陈述了亨利提出的三点倡议。
会议七天后，选侯写信给亨利，对他提的三点提议进行了一一回复。
巴恩斯与萨克森选侯的两次成功会面，为英国正式使团的来访打下了坚实基础。
11月28日，由赫里福德主教爱德华·福克斯、坎特伯雷副主教尼古拉斯·希思率领的使团抵达爱尔福特(Erfurt)受到了萨克森大臣布鲁克以及布查迪特的盛情款待。
在一系列预备会议之后，英国使团前往施马尔卡尔登会晤新教诸侯，并进行了一番长时间的讨论。
英国的代表们发现在许多问题上他们与联盟的诸侯能够达成一致，德意志诸侯们乐意授予亨利“施马尔卡尔登同盟的捍卫者”的称号，但是他们坚持要把接受《奥格斯堡告白》和路德派教会仪式作为任何同盟的首要条件。
政治上的协商结束之后，神学上的讨论于在次年3月提上了日程巴恩斯于使团到达一个月后向克伦威尔报告说福克斯主教即将去德意志新教发源地维腾堡讨论教义问题。
双方主要根据《奥格斯堡告白》的内容进行逐一探讨，但为了避免引发不必要的争执，讨论并未涉及主要的四项福音滥用问题。
巴恩斯在这些讨论中的立场十分清晰，他在维腾堡的流亡生涯以及与德意志改教家之间的交流对他的思想有着深刻影响，现在他在讨论中自然也积极响应奥格斯堡信条的核心要义，鼓励代表们接纳路德派的信仰纲领。
双方神学讨论的结果便是《维腾堡信条》的产生，它包含16条，基本根据是《奥格斯堡告白》和《辩护》写成，但又存在着的本质区别。
《奥格斯堡告白》是对信仰的声明以及立场的辩护，《维滕堡信条》则体现出路德派为扩大新教阵营而愿意妥协的意愿，其中多处可见为促进双方的联合而做出的让步。
巴恩斯一直参与讨论，并在会议结束后将最终达成的《维滕堡信条》这一文件带回国内。
在与罗马教廷决裂之后，亨利八世成为英王国教会事实上的“教皇”。
由于他极其珍惜来之不易的独立主权，不愿再臣服于任何国外的教会势力，因而他拒绝全盘接受路德派的信仰纲领，这就导致了双方协商最终的失败。
作为双方首次正式协商的联络人，巴恩斯难掩对此次结果的失望之情。
在大陆流亡的这段期间，他广泛接触了路德宗的教义对并对其有了深刻的理解，在英国断绝与罗马的联系、建立独立的民族教会之后，他急切地盼望英国能再次拥有纯洁、虔诚的教义。
并为此进行了不懈努力，为英国使团的正式访问搭桥铺路，奠定了双方友好沟通交流的基础。
但不可否认的是，此次英国使团的访问仍取得一定成效，德意志新教联盟同意在合适时机派遣使者出访英格兰，商榷共同的教义纲领。
英王亨利在他的两任妻子接连死去后，他与神圣罗马皇帝的敌对关系也有了缓和。
此外，他忙于镇压因反对改革而爆发的北方叛乱即巡礼求恩运动，因此这段时间中断了英德的交流，协商一事复归沉寂。
巴恩斯在国内失去了同情新教的安妮女干的支持，因而他的处境急转直下。
1536年6月在寄给德国朋友的信中，他说:“我仍被允许布道，但国内形势已十分不明朗。”失去了保护人的巴恩斯，在经济上开始捉襟见肘，他写信给克伦威尔，指责教士戈斯特维克克扣他担任特使期间的薪水，请求克伦威尔看在往日的情面上予以援助，却迟迟没有得到对方的回应。
戈斯特维克见巴恩斯无依无靠，更变本加厉地欺凌他。
11月，他指控巴恩斯在葬礼上的布道涉嫌异端而将其投入伦敦塔。
虽然巴恩斯在克伦威尔的营救之下获释，但是，他出狱后的生活也始终笼罩在保守派势力的阴影之下，只能静候下一个命运转机的到来。
国际政治的核心长期以来就是一个权力和野心的问题，因此当危机再一次来临之时，亨利八世不得不考虑重启与德意志人的协商，巴恩斯依旧是他最得力的使者人选。
参与“十三信条”神学讨论
1538年初，英国与德意志新教联盟之间的关系再度迎来回暖期，双方抛开此前不愉快的协商经历，此时都期望能实现真正的联合。
原因主要有以下三点:
其一，双方共同面临着更强大的对手入侵的威胁。
英王和新教王公们对于皇帝和法王的友谊而深感不安，而他们作为天主教势力的两大巨头，其联手的实力不容小觑。
其二，亨利八世发表的反对公会议的论述在德意志新教地区备受欢迎。
德意志新教神学家对亨利在书中所表达的坚定立场感到既惊又喜，争相传阅，书籍在短时间内至少印刷了三个版本。”
其三，维滕堡导师梅兰希顿的努力。
在协商一事复归沉寂以后，梅兰希顿凭借他在亨利八世心中颇高的声望，代表选候给亨利去信，委婉而恳切地询问英王对此前英德双方协商所产生的维滕堡信条的意见亨利很快回信称赞道:“德意志兄弟对于公会议的态度必将受到每个基督徒的敬仰”。
而对教义问题的分歧，他则表示希望联盟能派遣有学问的人前来商讨。
在以上三个因素共同催化之下，英国与德意志新教联盟的沟通之门再次打开，几番通信以及私人信使的来往之后，联盟同意派代表来英国探讨神学问题。
使团由萨克森公国副相弗朗西斯·布查迪特、哥达的教长弗雷德里克·米科纽斯以及汉萨贵族约翰·博恩堡组成。
他们于1538年春天到达英国，亨利为他们举行了热烈而降重的欢迎仪式。
之后，双方就神学议题进行讨论。
英方由三名主教、四名博士组成的委员会代表参与讨论，包括克兰默、约翰·斯托克利、桑普森、尼古拉斯·希思、乔治·戴、尼古拉斯·威尔逊、以及罗伯特·巴恩斯。
从英方参会人员构成可以看出国王对于此次会议的深思熟虑，一方面他安排新教领袖克兰默负责主导全局，另一方面，为防止会议偏向激进一方，他同时安插保守派势力的代表伦敦主教斯托克利进行平衡。
值得注意的是，巴恩斯在会议期间被安排加入了德方参与讨论。
这种安排是不仅仅是出于对巴恩斯所持教义立场的认知，同时也希望他能够充当个调解角色来促进会议的顺利进行，因为他既是一名坚定的路德派拥护者，也是英王忠诚的臣属。
双方在四个月间每周都要进行例行会议，针对《维腾堡信条》的内容进行逐一探讨。
巴恩斯在德意志学习期间对路德派教义有了深刻的理解，他十分认同梅兰希顿在《奥格斯堡信条》中对教义和礼仪问题的阐释，迫切希望在双方讨论后将路德宗教义引入英国。
但是，会议的实际进展却不如巴恩斯所愿，由于保守派的干预，双方在福音滥用问题的讨论上一直停滞不前。
加之，萨克森选候将这些问题视为核心，并将纠正这些问题作为任何成员加入联盟的基础，因而德方代表丝毫不敢懈怠。
在几番僵持之后，联盟代表们厌倦了这种没有进展的讨论，于是在8月5日，将他们的立场清晰地写明呈给英王。
他们谴责英国教会仍存在福音滥用问题，希望英王作为教会的至尊领袖能够及时予以纠正。
由于亨利的回复显示他无意这样做，这就彻底浇灭了德方代表和巴恩斯力图在在教义一致的基础上建立同盟的幻想。
如同此前协商产生《维滕堡信条》--般，这一次英国与联盟的代表们就教义问题的讨论也达成了部分条款，即由克兰默整理成《十三条信条》。
对于巴恩斯而言，虽然双方未能针对福音滥用问题达成一致，他希望英国能够全盘引入路德宗教义的愿望也未能达成，但是，他全程参与了讨论，并为《十三信条》的产生做出了很大努力。
《十三条信条》的内容打上了浓厚的路德派教义的色彩，它对于《奥格斯堡告白》的回响随处可见，甚至连语句运用上也有部分与其一致。
其中，第三条“论基督的两种属性”对应《奥格斯堡告白》当中的第三条“论上帝的儿子”，只是在语法上做了一定调整。
经由克兰默主编的《十三条信条》就成为英国教义信纲的重要蓝本。
新教联盟代表们离开英国以后，他们所提出的英国存在着五项滥用以及基督在圣餐中的临在问题，成为了神学家们关注的核心，因为有消息称，以否认基督真实临在为主要特征的两种大陆异端已经在国内出现，就是是再洗礼派和圣餐象征论派。
由于大臣克伦威尔发现国内已有再洗礼派活动的痕迹，1538年10月1日，他下令成立调查再洗礼派专案的委员会，委任克兰默、斯托克利、巴恩斯等九人负责。
正当巴恩斯忙于办理国内的再洗礼派案件时，他发现处理圣餐象征派的任务同样迫切，而持有此种“异端”观点的正是其早年的好友约翰·兰伯特。
起初念及友情，巴恩斯决定与兰伯特促膝长谈，耐心地劝服他。
谁知经过与巴恩斯的争论，兰伯特反而愈加自信，开始公开宣传圣餐象征说。
巴恩斯敏锐地注意到问题的严重性，将兰伯特所写的对圣餐临在的观点报告克兰默。
最终，兰伯特被判处火刑，被作为反面教材警戒民众挑战官方正统教义的后果。
