杜文秀是滇西回民起事的发起者，他出生在一个汉民家庭，他的父亲去世后，他的母亲改嫁给了一个回民，并皈依了回教，而杜文秀也就是因为这个原因皈依回教的。
杜文秀从小在乡学读书，但在读书之余，他又跟回教阿訇学习回教经书，成了一个既懂汉族典籍，又懂回教经书的人。道光二十三年（1843年），杜文秀考中了秀才，此时杜文秀的理想是做个地方官员。道光二十五年（1845年），永昌发生了回汉冲突，杜文秀的母亲和继父皆死于这次冲突。
这场冲突导致回汉双方互有伤亡，但回民略多一些，于是杜文秀便和一些回民进京告状。道光帝很重视这件事，于是便派林则徐去调查情况。林则徐办案公正，以“只论良莠，不分回汉”为宗旨，惩办了一些引起冲突的汉民，但杜文秀等人对此处理结果并不满意。
咸丰六年（1856年），回汉双方又爆发了一次冲突，这次冲突的起因是回汉双方的商人为了争夺楚雄南安石羊银矿，因此鼓动双方百姓们械斗。当地官府对此事的处置方式是“暗中挑拨，意在两伤，借邀功利”，结果导致双方的冲突更加激烈。
当时的满清官员们擅长制造对立，故意激化不同族群之间的矛盾，导致双方发生械斗，清朝末年滇西的回汉冲突如此，广东、广西的土客械斗亦是如此。
咸丰六年（1856年）三月，大理的回民们听说了一则并不可靠的消息，他们听说滇西北鹤丽镇标千总张正泰聚集无赖游勇屠戮了鹤庆、丽江、剑川、邓川、浪穹等地的回民，马上就要到大理了。大理的回民们非常恐慌，急忙去求大理知府唐惇培保护他们。唐惇培不肯，于是回民们便请知县毛玉成保护他们，毛玉成同情回民，他流着眼泪向大理知府唐惇培和迤西道林廷禧提出妥善安置大理回民的请求，但均遭到拒绝。
咸丰六年（1856年）八月，杜文秀组建了了一支由回、汉、彝三个民族的百姓组成的军队，在蒙化厅宣布反清。紧接着，杜文秀率领他的军队前往大理府，当他们抵达大理府时，大理已无官军，由于大理知府唐惇培在听说杜文秀率军向大理进发的消息后，已经率先逃跑了，因此大理的官军也都已经逃离了。此时的大理府只剩下了想保护百姓安全的知县毛玉成和数十个衙役，毛玉成曾经因同情大理回民而落泪，并竭尽全力的保护大理回民，但最终依然死于杜文秀等人之手。
咸丰六年（1856年）九月二十五日，杜文秀被蔡发春、李芳园、吕藩、杨荣、蔡廷栋、蓝金喜、马金保、刘纲、陈义、朱开元、张子经等汉回首领推举为“总统兵马大元帅”，建立了“大理政权”。
杜文秀建立“大理政权”后，通过招募和胁迫两种方式，使汉、回、彝、白、傣、苗、壮、哈尼、景颇、纳西等十余个民族的大量百姓加入了“大理政权”。紧接着，杜文秀大封“百官”，在“大理政权”的297 名统属官职中，汉、白、彝、景颇、纳西等族官员达到了284 人，回族官员仅13人。另外，由于杜文秀大量吸收汉民加入“大理政权”，最终导致该政权中汉民占了“十之七八”，回民反倒只占了“十之二三”。
杜文秀在反清前期以回族人蔡发春为主将，蔡发春战死后，杜文秀以杨荣等汉族人为主将，“滇西回民起事”从此开始由汉民主导。杨荣等汉族人成为“大理政权”的主将后，杜文秀处处受到掣肘，他因此倍感忧虑，但他此时想重新过普通百姓的生活已经是不可能的事情了。
从咸丰六年（1856年）至同治六年（1867年），“大理政权”先后攻占了镇南、姚州、赵州、弥渡、宾川、邓川、浪穹、云龙、丽江、鹤庆、剑川、永昌、永平、龙陵、腾越、顺宁、云州、缅宁、永化、蒙化、大姚、姚安、广通、中甸、维西、禄丰、安宁、思茅、普洱、罗次、武定、元谋、禄劝等五十三座城池。
“滇西回民起事”起初以回民为首，后来逐渐以汉民为首，而杜文秀军中的回族首领与汉族首领并不是一条心。回族首领们企图建立回教国，而汉族首领们则想趁滇变的机会，割据一方；但由于滇变后期，清朝的白族大将杨玉科率领清军成功收复了除大理之外的滇西及滇中的所有土地，杨荣自知“大理政权”已无胜算，于是便开始劝杜文秀投降。
杜文秀不甘心失败，先后派人到英属印度和奥斯曼帝国求援，结果皆遭到婉拒。杜文秀无奈，只得服毒，杨荣、蔡廷栋趁杜文秀刚服下毒药还未死的机会，将杜文秀绑至杨玉科的大营内乞降。
杨玉科下令将濒死的杜文秀斩首，将杨荣、蔡廷栋关押。三天后，杨玉科下令，将杨荣、蔡廷栋斩首。杨、蔡二人本想以献出杜文秀的方式保住各自的性命，结果也落得被斩首的下场。
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