云南自古就是一个民族众多的地方，元朝建立后，很多阿拉伯商人、波斯商人来到云南、甘肃、陕西经商，并与当地的汉族女子成亲，逐渐形成了一个新的民族——回族。
由于回民的生活习惯与汉民不同，因此从元朝至清朝，甘肃、陕西的回汉双方长期无法和睦相处，在清朝末年更是如此。不过云南的情况比甘肃、陕西的情况略好一些，因此也就导致当地的一些汉民皈依了回教，杜文秀就是其中之一。
杜文秀出生在一个汉民家庭，他的父亲去世后，他的母亲改嫁给了一个回民，并皈依了回教，而杜文秀也就是因为这个原因皈依回教的。
杜文秀从小在乡学读书，但在读书之余，他又跟回教阿訇学习回教经书，成了一个既懂汉族典籍，又懂回教经书的人。道光二十三年（1843年），杜文秀考中了秀才，此时杜文秀的理想是做个地方官员。道光二十五年（1845年），永昌发生了回汉冲突，杜文秀的母亲和继父皆死于这次冲突。
这场冲突导致回汉双方互有伤亡，但回民略多一些，于是杜文秀便和一些村民进京告状。道光帝很重视这件事，于是便派林则徐去调查情况。林则徐办案公正，以“只论良莠，不分回汉”为宗旨，惩办了一些引起冲突的汉民，但杜文秀等人对此处理结果并不满意。
咸丰六年（1856年），回汉双方又爆发了一次冲突，这次冲突的起因是回汉双方的商人为了争夺楚雄南安石羊银矿，因此鼓动双方百姓们械斗。当地官府对此事的处置方式是“暗中挑拨，意在两伤，借邀功利”，结果导致双方的冲突更加激烈。
关于“云南回民起义”，确实造成了大量百姓的伤亡，因此很多汉族读者认为滇变的责任完全在于回民，其实当地的满清官员才是导致冲突扩大的罪魁祸首。当时的满清官员们擅长制造对立，故意激化不同族群之间的矛盾，导致双方发生械斗，清朝末年云南的回汉冲突如此，广东、广西的土客械斗亦是如此。
《咸同滇变见闻录》记载：临安汉族恶霸煽动汉人入南安州和楚雄府城捕杀回民，老弱鲜得免者。
《岑襄勤公奏稿》卷二《通筹滇事酌拟八条请旨遵办折》提到：舒兴阿和团练大臣黄琮以饬各府厅州县聚团杀回。
很多汉族读者认为在滇变中，只有汉民遭到了屠戮，但其实回民也曾遭到屠戮，不过屠戮他们的是当地的满清官员，而汉民反倒在滇变开始时成了杜文秀等人报复的对象，确实非常无辜。后来，杜文秀意识到报复的对象不该是汉民，而是满清官员，于是杜文秀便下令停止对汉民的屠戮，从此开始大量吸收汉民进入他的军中，最终导致他的军中汉民占了“十之七八”，回民反倒只占了“十之二三”。
咸丰六年（1856年）三月，大理的回民听说滇西北鹤丽镇标千总张正泰聚集无赖游勇屠戮了鹤庆、丽江、剑川、邓川、浪穹等地的回民，马上就要到大理了。大理的回民们非常恐慌，急忙去求大理知府唐惇培保护他们。唐惇培不肯，于是回民们便请知县毛玉成保护他们，毛玉成同情回民，他流着眼泪向大理知府唐惇培和迤西道林廷禧提出妥善安置大理回民的请求，但均遭到拒绝。
咸丰六年（1856年）八月，杜文秀组建了了一支由回、汉、彝三个民族的百姓组成的军队，在蒙化厅宣布反清。紧接着，杜文秀率领他的军队前往大理府，当他们抵达大理府时，大理已无官军，由于大理知府唐惇培在听说杜文秀率军向大理进发的消息后，已经率先逃跑了，因此大理的官军也都已经逃离了。此时的大理府只剩下了知县毛玉成和数十个衙役，他们本想保护当地的回民、汉民、彝民，而且毛玉成曾经因同情大理回民而落泪，并竭尽全力的保护大理回民，但最终依然死于杜文秀等人之手。
咸丰六年（1856年）九月二十五日，杜文秀被蔡发春、李芳园、吕藩、杨荣、蔡廷栋、蓝金喜、马金保、刘纲、陈义、朱开元、张子经等汉回首领推举为“总统兵马大元帅”，建立了“大理政权”。
杜文秀画像（今日头条：品读历史与名著）
杜文秀建立“大理政权”后，以招募和胁迫两种方式增加兵力，使汉、回、彝、白、傣、苗、壮、哈尼、景颇、纳西等十余个民族的大量百姓加入了“大理政权”。紧接着，杜文秀大封“百官”，在“大理政权”的297 名统属官职中，汉、白、彝、景颇、纳西等族官员达到了284 人，回族官员仅13人。
杜文秀在反清前期以回族人蔡发春为主将，蔡发春战死后，杜文秀以杨荣等汉族人为主将，“云南回民起义”从此开始由汉民主导。杨荣等汉族人成为“大理政权”的主将后，杜文秀处处受到掣肘，他因此倍感忧虑，但他此时想重新过普通百姓的生活已经是不可能的事情了。
从咸丰六年（1856年）至同治六年（1867年），“大理政权”先后攻占了镇南、姚州、赵州、弥渡、宾川、邓川、浪穹、云龙、丽江、鹤庆、剑川、永昌、永平、龙陵、腾越、顺宁、云州、缅宁、永化、蒙化、大姚、姚安、广通、中甸、维西、禄丰、安宁、思茅、普洱、罗次、武定、元谋、禄劝等五十三座城池。
“云南回民起义”最初以回民为主导，后来逐渐以汉民为主导，而杜文秀军中的回族首领与汉族首领并不是一条心。回族首领们企图建立回教国，而汉族首领们则想利用滇变的机会，推翻满清朝廷，恢复华夏王朝；但由于滇变后期，清朝的白族大将杨玉科率领清军成功收复了除大理之外的滇西及滇中的所有土地，杨荣自知“大理政权”已无胜算，于是便劝杜文秀投降。
杜文秀不甘心失败，先后派人到英属印度和奥斯曼帝国求援，结果遭到婉拒。杜文秀无奈，只得服毒，杨荣、蔡廷栋趁杜文秀刚服下毒药还未死的机会，将杜文秀绑至杨玉科的大营内乞降。杨玉科下令将濒死的杜文秀斩首，将杨荣、蔡廷栋关押，并在三天后将此二人斩首。杨荣、蔡廷栋本想以献出杜文秀的方式保住各自的性命，结果也落得被斩首的下场。
“云南回民起义”共计持续了十八年，给清朝造成了极大的打击。如今有很多人认为杜文秀的所作所为完全不具备起义的性质，但实际上杜文秀的军队的目标是除掉满清官员，他并没有像陕回首领白彦虎那样大肆屠戮无辜百姓，而是大量吸收汉民加入“大理政权”，并且除掉了滇西、滇中各地的很多满清官员；另外，“大理政权”始终以“遥奉太平天国”为口号，太平军覆灭后，杜文秀甚至认为“大理政权”是太平天国的延续。
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