据闻，嘉木样一世于大夏河畔的扎西旗选址建寺，等到大殿建成后，僧俗人众为表崇敬，于寺名前冠以“拉章”（即佛宫）字号，久而久之转音称作“拉卜楞”，后来便以人们喜闻乐见的“拉卜楞”为寺名。1721年，嘉木样一世留有遗嘱不再转世，待其示寂后由法台一世赛仓·阿旺扎西活佛宣布，故而没有寻访转世灵童。然而“遗嘱”遭到一世德哇仓·罗藏顿珠活佛等人反对，且引起拉卜楞寺僧众的群起附和，最终迫使法台阿旺扎西做出让步，重新宣布嘉木样转世。此后，阿旺扎西认定河南蒙旗亲王之子为转世灵童，罗藏顿珠则寻访到名为“郭喇”的转世灵童，双方僵持不下致使嘉木样之位长期空缺。直至1738年阿旺扎西圆寂，罗藏顿珠继任法台，才得以认定郭喇为转世灵童，并于1743年迎至拉卜楞寺坐床，由此开始“嘉木样”活佛系统的传承。
青年喇嘛
自建寺以来，嘉木样一世创建闻思学院和续部下院，二世建立时轮学院，这一时期在清廷及青海蒙古的支持下，拉卜楞寺规模不断扩大，学经制度日趋完善，确立以教授显密二宗为主，兼及医药、历算、绘画等为辅的学院体系。至三世嘉木样建成医药学院，五世时又建喜金刚学院、续部上院，并扩建各种佛殿，成为黄教六大宗寺之一，最盛时僧人有四千余人，声名远播势力日盛，许多寺庙及部落民众纷纷归附，故而形成政教统一的形式。
俯瞰拉卜楞寺
拉卜楞寺的子寺较多，据传甘肃境内有66寺，青海境内6寺，四川境内21寺，内蒙古境内7寺，西藏境内5寺，山西1寺，北京1寺。鉴于拉卜楞寺与子寺的密切程度不同，实行不同的管理方法：第一种是掌握政教大权，由拉卜楞寺院派员管理寺庙及其所属部落的一切政教事务，也即由拉卜楞寺全权管理；第二种仅执掌教权，拉卜楞寺派法台或经师、僧官、代表等处理教务，政务由寺庙自行处理；第三种仅存在宗教上的联系，寺庙独立拥有政教权力，拉卜楞寺不直接管理。
僧侣与民众
辖域民众大体上分为四类：第一类称神民，由蒙藏王公贵族从属民中调拨给寺院，这些民众世代繁衍充当寺庙的 “香火户”，一般会选送子弟出家为僧，也以劳动产出供养寺庙，一般由拉卜楞寺派员全权管理，比如青海河南蒙旗十一支箭地、拉卜楞寺附近十三庄等；第二类称政民，是拉卜楞寺利用教权控制的部落之民，由寺庙派员执掌政教权力加以治理，比如美武五族、阿万仓等；第三类称教民，这些民众由世袭大土官头人统治，但在宗教信仰上接受拉卜楞寺的影响和控制，因而寺庙派遣僧人传教或建立子寺渗透，比如牙端木、唐科尔等部落民众；第四类称“拴头”即与拉卜楞寺有来往的村庄，嘉木样活佛派遣官员到村庄，当地应负担食宿，作为回报村庄差人来寺也受礼遇，另外一旦村庄发生冲突，拉卜楞寺给予支持或居中调处。
部落民众
拉卜楞寺所属部落按依附程度分别管理，既通过政教权力分割，也通过管理子寺实现直接或间接统治，选任三类头目即郭哇、更擦布、赤哇等管理其所属寺院和所属部落，任期一般都是3年，其中郭哇、更擦布是由嘉木样活佛80个侍从中选任，赤哇由活佛或有学问的学者担任。拉卜楞寺派驻郭哇治理6个神民部落，有权召集民众作战，可以干涉民事、刑事诉讼案件或其他纠纷，而对拥有头人的神民部落，拉卜楞寺则通过头人间接统治该部落的群众；更擦布即嘉木样活佛的代表，是拉卜楞寺派往寺院的全权行政官员，其权力限于寺院行政，故地位稍次于郭哇；赤哇由拉卜楞寺派往属寺主持宗教事务，督促全寺僧侣学经，遵守宗教戒律，如与属寺仅有宗教关系，拉卜楞寺只派赤哇，而对政教都属于拉卜楞寺的属寺，则同时派赤哇、更擦布分管政教事务。
喇嘛
寺庙拥有不菲寺产，寺内主要活佛也有较多土地、牧场、森林、牧畜、房屋等，财产的所有权也各有差异，比如全寺公产为所有僧侣之财产，而六大学院亦有公共私产，而嘉木样佛宫、大小活佛则另有私产，当然一般僧人也有少量个人财产，总的来说，拉卜楞寺的财产数目便相当可观。1958年前，拉卜楞寺出租土地2.17万亩多，周围13庄900余户都依靠租佃田亩为生，仅在夏河县就有拉卜楞寺所有的羊36500多只、牛7400多头、马9540匹，而且经营出租房屋5100多间，此外寺院从事放高利贷、商业投资、信徒布施、僧徒募化等聚拢起巨额财产，从而具备雄厚的经济势力。
丰收时节
拉卜楞寺地处川青甘康四省交通要地，是当地最大的寺院，又在各地广建寺庙，历来得到中央政府和地方实力派的支持，加之周边藏人部落依附，故而形成颇有影响的一方势力。
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