登太行，过五台，窥基一日来到西河，在一座古庙里投宿。夜里梦见自己恍惚在半山里，四处昏暗，隐隐约约听见山崖下有无数人痛苦地呼喊，凄楚摧心。窥基不忍心听见这种悲惨的声音，就急着往上攀登。来到山顶，发现山峰竟然象琉璃一般晶莹光洁，放眼远望，众多国度犹似微尘历历可见。突然有一个声音从头顶上飘下来：“停步，窥基不该到这里。”窥基一抬头，望见一座光华眩目的城市。过了一会儿，两位仙童走出城来问：“你看见山下那些备受世俗之苦煎熬的生灵了吗？”窥基照实回答：“虽听到喊声凄厉，却看不见确切的形状。”仙童便掷下一柄剑，说：“剖开你的肚子就可以看见了。”“剖开肚子，性命焉存？玄奘师傅的衣钵还赖我以传呢。”“执着幻相，居然还要传法，三车和尚的说法倒有些道理呢。”窥基又恼又惊，一下子把剑插入腹部。这时只见两道白光如长虹一般从腹中跃出，照映山下，窥基于是看见了无数人沉沦在深渊里，饱受酷刑，在绝望地挣扎着。这时，仙童又扔下两轴纸和一管笔，转身进城。窥基接住，仰头一看，城市也无影无踪了。天亮醒来，窥基惊魂未定。
到了夜里，寺里发出万丈光芒，经久不散，窥基循光而去，发现是两轴书在发光，展开一看，竟然是《弥勒上生经》，联想昨晚所梦，料是弥勒菩萨令我造疏弘通，遂提起笔，却见笔端掉下了几粒舍利，有含桃那么大，呈红色，随后又掉下几粒舍利，状如黄粱粟粒。窥基恍然彻悟：原来是佛祖感化我，让我疏通佛理，以大慈悲之心去救济苦难众生啊。想当初发愿把佛理融汇一贯，担心参杂译经会失去佛法的精华，只得到佛法的皮相，正好比夜里梦见庄严法相，早晨起来却去寻找自马。我何等糊涂，注经是为济世，不为逞才！而我却是去找白马啊。
窥基这么一悟，从此在佛法上勇猛精进。回到慈恩寺后，更加勤奋著述，疏通大小乘教典籍上百种，人称“百本疏主。”
玄奘所译之《唯识论》，起初与神昉、嘉尚、普光四人同受，或润色，或执笔，或检文，或纂义等，几年后，窥基提出要退出此译事，玄奘问其故，他说：“大家一起从事翻译，虽能得法门之糟粕，但失却玄源之纯粹，我不喜欢做这种杂糅性的工作，若独立完成，一者自己想法能够得到表达，再者有责任则自己承担。”玄奘遂同意他之要求，请另外三个人退出此译事，交窥基独立完成。这乃是量材授任也。那一段时间，窥基随侍玄奘左右，随受随录，撰写所闻，玄奘常给他独自讲解唯识之学。
其时，西明寺有一圆测法师，亦是聪颖异常之辈，曾派人暗中偷听玄奘给窥基独自讲授的唯识之学，之后自己加以串通诠释。玄奘为窥基刚讲解完毕，圆测也在西明寺鸣钟集众，讲解起《唯识论》来了。窥基知道此事后，很惭愧自己竟居其后，甚是惆怅。玄奘就勉励他说：“圆测虽造疏，通唯识之学，但不懂得因明理论。”于是就为窥基讲解陈那的因明理论。窥基精通了陈那的“三支作法”等新因明学说，纵横立破，述义命章，一时没有人能与他相抗衡。
另外，还有一种说法，曰：玄奘为窥基独自讲解《瑜伽师地论》，又被圆测派人偷听先讲，玄奘就对窥基说：“他虽会《瑜伽论》，但“五种种性说’我只传授给你，只有你能弘通，别的人则不行。”
还有一种说法，曰：窥基到太原传法时，有三车相随，前乘经论，中车自乘，后车载家妓、女仆、食馔等。在路上碰到一位老父，问他车中所乘何人。窥基答道：“是家眷。”老父曰：“你对佛法很精通，但却携带家眷，恐与佛法不相称!”窥基听后，顿悔前非，爽然独往。有说此老父乃文殊菩萨之化身。这些都是外界的传说。窥基跟随玄奘在玉华宫翻译经典时，若有三车，又安放于何处呢?
窥基随处弘法，利益羣生。东行至博陵，有人请他讲解《法华经》，遂造《法华经疏》，等他回到本寺后，常与以前一起从事翻译的道友交游，多次会见道宣律师。于永淳元年(公元六八二年)患疾，至十一月十三日入寂于长安慈恩寺翻经院，世寿五十一，法腊未详。葬于樊村北渠，靠近玄奘茔陇。弟子哀悼，葬礼隆重，僧俗二界送葬者满山遍野。
窥基生前精进不懈，曾造弥勒像，对着像每日诵一遍《菩萨戒》，表示愿生兜率内院。又于五台山造玉石文殊菩萨像。写金字《般若经》。其弟子对他很崇敬，视之如玄奘法师。大和四年(公元八三○年)七月，迁塔至平原。大安国寺沙门令俭检校塔亭，移棺时见基齿四十余颗不断如玉，有说此乃是佛三十二相中之一相也。后来，中国
佛教界多称窥基为“百部疏主”。但窥基其人，相貌魁梧，有桓赳之气，而心地慈善，诲人不倦。至于窥基之名讳，各书记载不尽相同，《慈恩传》中称：“玄奘法师于龙朔三年(公元六六三年)在玉华宫译《大般若经》终笔，其年十一月二十二日，令大乘基奉表奏闻，请皇上制序。”此处称之为“灵基”；而《开元释教录》又称之为“窥基”，或称之为“大乘基”……，今海内僧俗二界多称之为“慈恩法师”。
永淳元年(公元682每)的一天，窥基象往常一样趺跏入定，他的朋友宣律师知道他在神遇佛教天王的使者，但这次时间很长，宣律师感到奇怪，窥基说：“刚才大乘菩萨来了，侍从极多，我的神通被压制了。”过了不久，窥基就逝世了。他的坟茔紧靠着玄奘的骨塔。弟子们悲痛不已，都怀念这位心地仁慈，诲人不倦的大师。
