加州理工學院Mitchell Guttman等研究人員開發新技術-RNA & DNA SPRITE (RD-SPRITE)首次實現了全基因組水平同時分析RNA-RNA、DNA-DNA以及RNA-DNA互作(1)。
RD-SPRITE技術原理(1)
研究人員通過該技術以及RNA轉錄的干擾等發現核內非編碼RNA普遍參與核內功能結構域的組織。
這些非編碼RNA轉錄後會產生高濃度的聚集，這種聚集的非編碼RNA就像「種子」一樣進一步募集其它調控RNA以及蛋白，進而影響遠程DNA互作、染色質狀態以及基因轉錄。
研究人員認為該項技術捕捉到的多種多樣非編碼RNA作用方式值得進一步挖掘；此外，這種全基因組RNA-DNA綜合互作的分析技術還能用於轉錄對染色質結構的影響以及核外RNA聚集結構的詳細解析。
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01230-7
該項工作2021年11月4日發表在Cell(1)。
同日，Cell還上線來自UCLA Kathrin Plath等研究人員的工作，細緻分析了Xist RNA如何募集蛋白失活X染色體；研究人員結合動態成像數據等提示這可能是一個相分離的過程(2)。
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01275-7
Comments：
RD-SPRITE技術全基因組水平分析RNA-DNA綜合互作，是非常強大的工具，能獲取獨到信息；將來進一步結合與蛋白互作的信息會能為大家帶來更「全景」的細胞核組織結構。
但是這項技術從原理上看起來很難高質量做到單細胞，畢竟它依賴重複多次接頭連接。
通訊作者簡介：
https://www.bbe.caltech.edu/people/mitchell-guttman
https://www.hhmi.org/scientists/kathrin-plath
參考文獻：
1. S. A. Quinodoz et al., RNApromotes the formation of spatial compartments in the nucleus. Cell. 0(2021), doi:10.1016/J.CELL.2021.10.014.
2. Y. Markaki et al., Xist nucleates local protein gradients to propagate silencing across the X chromosome. Cell. 0 (2021), doi:10.1016/J.CELL.2021.10.022.
原文鏈接：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01230-7
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01275-7
