全基因組綜合分析RNA-DNA互作的技術揭示染色質功能組織的核心

2022年06月28日05:33:11 科學 1571

加州理工學院Mitchell Guttman等研究人員開發新技術-RNA & DNA SPRITE (RD-SPRITE)首次實現了全基因組水平同時分析RNA-RNA、DNA-DNA以及RNA-DNA互作(1)。

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RD-SPRITE技術原理(1)


研究人員通過該技術以及RNA轉錄的干擾等發現核內非編碼RNA普遍參與核內功能結構域的組織。

這些非編碼RNA轉錄後會產生高濃度的聚集,這種聚集的非編碼RNA就像「種子」一樣進一步募集其它調控RNA以及蛋白,進而影響遠程DNA互作、染色質狀態以及基因轉錄。

研究人員認為該項技術捕捉到的多種多樣非編碼RNA作用方式值得進一步挖掘;此外,這種全基因組RNA-DNA綜合互作的分析技術還能用於轉錄對染色質結構的影響以及核外RNA聚集結構的詳細解析

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https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01230-7


該項工作2021年11月4日發表在Cell(1)。


同日,Cell還上線來自UCLA Kathrin Plath等研究人員的工作,細緻分析了Xist RNA如何募集蛋白失活X染色體;研究人員結合動態成像數據等提示這可能是一個相分離的過程(2)。

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https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01275-7


Comments:

RD-SPRITE技術全基因組水平分析RNA-DNA綜合互作,是非常強大的工具,能獲取獨到信息;將來進一步結合與蛋白互作的信息會能為大家帶來更「全景」的細胞核組織結構。

但是這項技術從原理上看起來很難高質量做到單細胞,畢竟它依賴重複多次接頭連接。

通訊作者簡介:

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https://www.bbe.caltech.edu/people/mitchell-guttman


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https://www.hhmi.org/scientists/kathrin-plath

參考文獻:

1. S. A. Quinodoz et al., RNApromotes the formation of spatial compartments in the nucleus. Cell. 0(2021), doi:10.1016/J.CELL.2021.10.014.

2. Y. Markaki et al., Xist nucleates local protein gradients to propagate silencing across the X chromosome. Cell. 0 (2021), doi:10.1016/J.CELL.2021.10.022.

原文鏈接:

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01230-7

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