同樣，抗病毒藥物莫努匹拉韋（Lagevrio）於2021年12月獲得EUA，用於治療18歲或以上高危成年人的輕度至中度COVID-19，從癥狀出現後5天內開始服用5天。
然而，與臨床試驗中的安慰劑相比，莫努匹拉韋在使患者減少住院方面不如Paxlovid有效。莫努匹拉韋僅授權用於無法獲得或臨床上不適合獲得 FDA 授權的替代COVID-19治療的患者。此外，雖然Paxlovid被授權用於12歲的兒童，但莫努匹拉韋不被授權用於18歲以下的兒童，因為它可能會影響骨骼和軟骨的生長。此外，莫努匹拉韋可阻止SARS-CoV-2複製，但途徑與Paxlovid不同，不建議孕婦使用，動物研究表明它可能對胎兒造成傷害。
目前，美國政府已購買310萬個療程的莫努匹拉韋和2000萬個療程的Paxlovid，將於今年交付。
病毒變異，已和早期不一樣
今年4月發表的EPIC-HR試驗結果（蛋白酶抑制治療高危患者COVID-19的評估）甚至沒有提到反彈，而EPIC-HR試驗是Paxlovid EUA的基礎。奧密克戎也未被提及，因為沒有接種疫苗的試驗參與者在奧密克戎出現之前感染了COVID-19。
這項回顧性隊列研究在香港進行，重點關注2022年2月26日至5月3日奧密克戎BA.2.2浪潮期間全港近110萬名確診感染SARS-CoV-2的非住院患者。其中，5257例服用莫努匹拉韋，5663例服用Paxlovid。
與不使用抗病毒藥物相比，兩種抗病毒藥物都與較低的全因死亡風險相關——莫努匹拉韋降低39%，Paxlovid降低75%。與不使用抗病毒藥物相比，兩者還與較低的院內疾病進展風險相關——莫努匹拉韋為36%，Paxlovid為53%。Paxlovid的住院風險降低了31%，而服用莫努匹拉韋的患者的住院風險與未服用抗病毒藥物的患者相當。
在香港的研究中，Paxlovid的使用比莫努匹拉韋的使用具有更大和更一致的保護作用，無論疫苗接種狀況和年齡如何，Paxlovid的保護作用相似。然而作者指出，研究中Paxlovid明顯優於莫努匹拉韋，部分原因可能是65歲以上的患者比例較高，而接受後一種藥物的患者完全接種疫苗的患者比例較低。
是藥物的問題，還是疾病的問題?
美國CDC與5月24日的健康諮詢指出，「癥狀的短暫複發可能是SARS-CoV-2自然感染的一部分，某些人的複發感染與Paxlovid治療無關，也無論疫苗接種狀況如何。
何大一在5月23日發布的一項研究，公布了大約10人（他是報告中描述的第二個病例）在服用Paxlovid後復陽。當被問及他是否認為復陽可能是SARS-CoV-2感染自然過程的一部分時，他回答說「絕對不是自然過程」。
美國約翰·霍普金斯大學乳腺癌專家Tatiana Prowell從同行處聽說過自然病程中出現反彈的病例。她推測，奧密克戎或是根源。
何大一駁斥了輝瑞關於反彈不常見的論點。他和他的合著者指出，他們報告中描述的10例複發中有5例發生在2個家庭中，2個在他的家庭中，3個在另一個家庭中，這表明這種情況並不罕見。
何大一說，這令人擔憂，因為似乎經歷複發的人可以感染他人。10個病例中，複發期間的病毒載量與最初感染期間的水平相當。何大一和他的合著者寫道，在複發期間，1名有癥狀的患者和1名癥狀前患者將SARS-CoV-2傳播給家庭成員。
試圖弄清楚復陽原因
何大一可能是極少數在服用Paxlovid後複發的人之一，然後在第一次和第二次對自己的病毒進行測序。結果顯示，何的兩種序列都是相同的，排除了他複發的幾種可能解釋。這不可能是由於運氣不好，也就是說就在他第一次SARS-CoV-2感染康復時，第二次感染了。它不可能是由於病毒對Paxlovid產生抗藥性，如果是，病毒序列就不會相同。
對於Paxlovid治療後的反彈，科學家提出了其他一些可能的解釋。Carlos 說：「我心中的第一個問題是時機，我認為我們可能治療太短了。」Wachter推測：「如果你馬上開始，也許你會抑制病毒，免疫系統不會像正常情況下那樣加速，5天的療程可能不夠長。但Wachter也承認，所有這些理論都毫無意義。
為了回答有關複發的懸而未決的問題，Carlos 說：「我不確定我們是否需要經典定義的臨床試驗，我們需要批准後的數據，它正在收集中，但調查結果可能要幾個月才能獲得。目前，沒有證據表明，當懷疑在5天療程後復陽時，需要用Paxlovid進行額外的治療。
儘管對復陽現象存在大量疑問，但Carlos 說「我們對這種藥物的最大挑戰是它沒有像應有的那樣頻繁地使用。初級保健醫生對藥物相互作用感到擔憂，COVID-19最有可能發展為嚴重甚至致命感染的人也是最有可能服用多種藥物的人」。
