除了核設施和「定點清除」外，以色列空軍還在繼續打擊伊朗導彈基地並獵殺其導彈機動發射車，同時，因為伊朗導彈擊中以色列民用基礎設施、造成以色列平民傷亡，以色列空軍還擴大空襲範圍，攻擊了伊朗的石油和天然氣基礎設施，打擊伊朗的經濟命脈。
以色列國防軍發言人宣稱：「以色列空軍正在努力挫敗伊朗向以色列發射大規模彈道導彈彈幕的企圖，戰鬥機不斷飛越發射場，隨著時間的推移，伊朗向以色列發射導彈的能力將會慢慢降低。」
以色列空軍的「蒼鷺」無人機在伊朗上空持續盤旋，尋找伊朗的彈道導彈機動發射車並將相關信息同步傳輸給以色列戰鬥機，後者負責轟炸這些重要目標；「戰爭研究所」（ISW）評價以色列空軍的獵殺行動相當成功，以至於伊朗在對以色列的報復行動中，發射的中程彈道導彈數量要比計劃中少得多，這也證實了以色列總理內塔尼亞胡的說法，即摧毀了伊朗相當一部分導彈庫存。
此外，跟伊朗防空部隊一樣，伊朗導彈部隊沒有組織起規模更大的報復行動，也與主要指揮官遭「定點清除」有關，以色列國防軍證實，已經成功殺死了超過20名伊朗高級軍官，其中就包括革命衛隊彈道導彈部隊高層。
《紐約時報》報道稱，伊朗最高革命領袖哈梅內伊下令報復以色列，最初計劃首波發射1000枚導彈，徹底壓倒以色列的反導網路，但因為以色列的成功行動，伊朗僅在第一波攻擊中發射了約40枚導彈，而且後續攻擊出現了削弱的跡象。
周六晚上，伊朗向以色列發射了幾十枚彈道導彈，這些導彈大部分被攔截，「箭3」屢屢上演大氣層外攔截伊朗中程彈道導彈的壯舉，但也有些導彈突防成功，不僅擊中了以色列的軍事設施，也擊中了平民區。
位於以色列中部的塔姆拉被伊朗導彈擊中，塔姆拉的主要居民是阿拉伯穆斯林，襲擊造成5名阿拉伯穆斯林平民被炸死，另有14人受傷。
以色列防長卡茨發出警告，如果伊朗繼續襲擊以色列平民，「德黑蘭將會燃燒」，「阿亞圖拉政權（原文並非如此）正在將伊朗公民變成人質，並製造一個現實，他們，尤其是德黑蘭居民，將為對以色列平民的犯罪襲擊付出沉重的代價。如果哈梅內伊繼續向以色列本土前線發射導彈，德黑蘭就會燃燒。」
作為報復，以色列空軍開始轟炸伊朗的能源基礎設施，多個煉油廠、油庫、天然氣相關設施和油港遭襲，以色列空軍向伊朗能源基礎設施投擲的是重磅制導炸彈，跟烏克蘭軍隊襲擊俄羅斯煉油廠的那些自殺式無人機完全不同，後者戰鬥部只有幾十千克，而且突防率僅有40%多，破壞力完全比不上重磅炸彈。
值得注意的是，因為技術故障，革命衛隊發射的1枚中程彈道導彈墜毀在伊朗境內，給伊朗居民點造成了一定程度的破壞和人員傷亡。
伊朗官方的塔斯尼姆通訊社報道稱以色列襲擊了德黑蘭居民區，伊朗防空部隊攔截了3枚射向居民區的巡航導彈和10架無人機。
目前尚無法證實該消息的真實性，也沒有看到更多信息，但考慮到以色列空軍和摩薩德正在聯手「定點清除」，如果該消息為真，很可能是以色列在獵殺伊朗的高級軍官或核科學家，以色列總理內塔尼亞胡已經表示伊朗民眾不是以色列的敵人，以色列空軍應該也不會將寶貴的戰力耗費在伊朗平民身上，此舉將引發國際社會強烈反對。
至於包括塔斯尼姆通訊社在內的伊朗官方媒體，則因為屢屢造謠，不僅坑了一眾支持伊朗的媒體和媒體人，也極大地降低了其自身的公信力。
伊朗海軍發布了一張照片，宣稱阻止了一艘「英國驅逐艦」從阿曼灣進入波斯灣，這艘「英國驅逐艦」「正在引導以色列導彈射向伊朗」，但很快，人們就發現，這艘「英國驅逐艦」實際上是阿聯酋海軍的一艘巴尼亞斯級輕型護衛艦。
