1966年6月，擔任軍科院副秘書長的王智濤，因病休息了2年多，雖然也能看文件，可不在崗位上工作，感覺自己落伍了。提出身體已經康復，希望能上班，閻副院長把情況上報給葉帥，葉帥並沒有同意，讓他休養為主！
王智濤是軍事教育出身，戰爭年代與和平時期長期擔任軍事教育工作。1960年，差點被要求轉業，多虧葉帥將他調去軍科院，原本打算任命為秘書長，可到任後，改為二級部副部長，協助彭紹輝工作。
軍科院的主要工作是理論研究，負責條令條例編寫等工作，到軍科院3年里，王智濤到成長也非常快，幹得很舒心。1963年根據他的表現被提拔為副秘書長，工作上的事情更瑣碎一些。或許工作量很大，導致幾個月後身體出現問題，初步診斷以為是胃病發作，結果吃藥半個月反而加重，開始便血，以為是痔瘡破裂。
有點醫術的妻子覺得不正常，讓他到另一家醫院檢查，結果確診為中晚期直腸癌。於是，趕緊住進醫院，並進行手術治療，手術後葉帥、粟裕、宋時輪副院長對他的關係很大，閻揆要、鍾期光兩位領導也到醫院看望他，最讓人感動的是王新亭副總長，原諒他是軍科院副院長，調總參工作，得知他手術，竟然在醫院守護8小時做完手術才離開。
讓他更沒有想到的是，總理在幫忙之中，在粟裕大將的陪同下看望他，對他親切關懷，詢問手術情況，身體情況，寬慰他不要有後顧之憂，而且還叮囑醫護人員，讓他安心養病後，才能離開病房。對於日理萬機的總理能來看他，內心是久久不能平靜。
身體基本恢復後，軍科院首長就決定不讓他工作，繼續休養。畢竟這麼大手術，更需要休息。安排他到杭州、上海療養。1966年，身體已經大有好轉，想著回一線工作。
他把情況告訴院領導，葉帥說：這麼重的病，動了這麼大手術，現在搞運動，情況複雜，不要急於工作，休息為好。也可以參加院辦組織的政治學習。沒想到運動到來，使得他8年沒有工作，直到1978年，他被任命為軍科院顧問，被任命二線職務。
顧問是常委的參謀和助手，支持常委領導工作，出謀劃策，提出建議和意見。顧問有建議權，沒有決定權，他在顧問的位置上發揮餘熱，這時候他的年紀已經不到了73歲。
實際上從1964年理論崗位，一驚14年之久，雖然年紀也大了了還覺得有很多東西要掌握，忙著看書學習，休息時間都很短。1983年接到離休的命令，安安心心過上晚年生活。
