登太行，過五台，窺基一日來到西河，在一座古廟裡投宿。夜裡夢見自己恍惚在半山裡，四處昏暗，隱隱約約聽見山崖下有無數人痛苦地呼喊，凄楚摧心。窺基不忍心聽見這種悲慘的聲音，就急著往上攀登。來到山頂，發現山峰竟然象琉璃一般晶瑩光潔，放眼遠望，眾多國度猶似微塵歷歷可見。突然有一個聲音從頭頂上飄下來：「停步，窺基不該到這裡。」窺基一抬頭，望見一座光華眩目的城市。過了一會兒，兩位仙童走出城來問：「你看見山下那些備受世俗之苦煎熬的生靈了嗎？」窺基照實回答：「雖聽到喊聲凄厲，卻看不見確切的形狀。」仙童便擲下一柄劍，說：「剖開你的肚子就可以看見了。」「剖開肚子，性命焉存？玄奘師傅的衣缽還賴我以傳呢。」「執著幻相，居然還要傳法，三車和尚的說法倒有些道理呢。」窺基又惱又驚，一下子把劍插入腹部。這時只見兩道白光如長虹一般從腹中躍出，照映山下，窺基於是看見了無數人沉淪在深淵裡，飽受酷刑，在絕望地掙扎著。這時，仙童又扔下兩軸紙和一管筆，轉身進城。窺基接住，仰頭一看，城市也無影無蹤了。天亮醒來，窺基驚魂未定。
到了夜裡，寺里發出萬丈光芒，經久不散，窺基循光而去，發現是兩軸書在發光，展開一看，竟然是《彌勒上生經》，聯想昨晚所夢，料是彌勒菩薩令我造疏弘通，遂提起筆，卻見筆端掉下了幾粒舍利，有含桃那麼大，呈紅色，隨後又掉下幾粒舍利，狀如黃粱粟粒。窺基恍然徹悟：原來是佛祖感化我，讓我疏通佛理，以大慈悲之心去救濟苦難眾生啊。想當初發願把佛理融匯一貫，擔心參雜譯經會失去佛法的精華，只得到佛法的皮相，正好比夜裡夢見莊嚴法相，早晨起來卻去尋找自馬。我何等糊塗，注經是為濟世，不為逞才！而我卻是去找白馬啊。
窺基這麼一悟，從此在佛法上勇猛精進。回到慈恩寺後，更加勤奮著述，疏通大小乘教典籍上百種，人稱「百本疏主。」
玄奘所譯之《唯識論》，起初與神昉、嘉尚、普光四人同受，或潤色，或執筆，或檢文，或纂義等，幾年後，窺基提出要退出此譯事，玄奘問其故，他說：「大家一起從事翻譯，雖能得法門之糟粕，但失卻玄源之純粹，我不喜歡做這種雜糅性的工作，若獨立完成，一者自己想法能夠得到表達，再者有責任則自己承擔。」玄奘遂同意他之要求，請另外三個人退出此譯事，交窺基獨立完成。這乃是量材授任也。那一段時間，窺基隨侍玄奘左右，隨受隨錄，撰寫所聞，玄奘常給他獨自講解唯識之學。
其時，西明寺有一圓測法師，亦是聰穎異常之輩，曾派人暗中偷聽玄奘給窺基獨自講授的唯識之學，之後自己加以串通詮釋。玄奘為窺基剛講解完畢，圓測也在西明寺鳴鐘集眾，講解起《唯識論》來了。窺基知道此事後，很慚愧自己竟居其後，甚是惆悵。玄奘就勉勵他說：「圓測雖造疏，通唯識之學，但不懂得因明理論。」於是就為窺基講解陳那的因明理論。窺基精通了陳那的「三支作法」等新因明學說，縱橫立破，述義命章，一時沒有人能與他相抗衡。
另外，還有一種說法，曰：玄奘為窺基獨自講解《瑜伽師地論》，又被圓測派人偷聽先講，玄奘就對窺基說：「他雖會《瑜伽論》，但「五種種性說』我只傳授給你，只有你能弘通，別的人則不行。」
還有一種說法，曰：窺基到太原傳法時，有三車相隨，前乘經論，中車自乘，後車載家妓、女僕、食饌等。在路上碰到一位老父，問他車中所乘何人。窺基答道：「是家眷。」老父曰：「你對佛法很精通，但卻攜帶家眷，恐與佛法不相稱!」窺基聽後，頓悔前非，爽然獨往。有說此老父乃文殊菩薩之化身。這些都是外界的傳說。窺基跟隨玄奘在玉華宮翻譯經典時，若有三車，又安放於何處呢?
窺基隨處弘法，利益羣生。東行至博陵，有人請他講解《法華經》，遂造《法華經疏》，等他回到本寺後，常與以前一起從事翻譯的道友交遊，多次會見道宣律師。於永淳元年(公元六八二年)患疾，至十一月十三日入寂於長安慈恩寺翻經院，世壽五十一，法臘未詳。葬於樊村北渠，靠近玄奘塋隴。弟子哀悼，葬禮隆重，僧俗二界送葬者滿山遍野。
窺基生前精進不懈，曾造彌勒像，對著像每日誦一遍《菩薩戒》，表示願生兜率內院。又於五台山造玉石文殊菩薩像。寫金字《般若經》。其弟子對他很崇敬，視之如玄奘法師。大和四年(公元八三○年)七月，遷塔至平原。大安國寺沙門令儉檢校塔亭，移棺時見基齒四十餘顆不斷如玉，有說此乃是佛三十二相中之一相也。後來，中國
佛教界多稱窺基為「百部疏主」。但窺基其人，相貌魁梧，有桓赳之氣，而心地慈善，誨人不倦。至於窺基之名諱，各書記載不盡相同，《慈恩傳》中稱：「玄奘法師於龍朔三年(公元六六三年)在玉華宮譯《大般若經》終筆，其年十一月二十二日，令大乘基奉表奏聞，請皇上制序。」此處稱之為「靈基」；而《開元釋教錄》又稱之為「窺基」，或稱之為「大乘基」……，今海內僧俗二界多稱之為「慈恩法師」。
永淳元年(公元682每)的一天，窺基象往常一樣趺跏入定，他的朋友宣律師知道他在神遇佛教天王的使者，但這次時間很長，宣律師感到奇怪，窺基說：「剛才大乘菩薩來了，侍從極多，我的神通被壓制了。」過了不久，窺基就逝世了。他的墳塋緊靠著玄奘的骨塔。弟子們悲痛不已，都懷念這位心地仁慈，誨人不倦的大師。
