登太行,過五台,窺基一日來到西河,在一座古廟裡投宿。夜裡夢見自己恍惚在半山裡,四處昏暗,隱隱約約聽見山崖下有無數人痛苦地呼喊,凄楚摧心。窺基不忍心聽見這種悲慘的聲音,就急著往上攀登。來到山頂,發現山峰竟然象琉璃一般晶瑩光潔,放眼遠望,眾多國度猶似微塵歷歷可見。突然有一個聲音從頭頂上飄下來:「停步,窺基不該到這裡。」窺基一抬頭,望見一座光華眩目的城市。過了一會兒,兩位仙童走出城來問:「你看見山下那些備受世俗之苦煎熬的生靈了嗎?」窺基照實回答:「雖聽到喊聲凄厲,卻看不見確切的形狀。」仙童便擲下一柄劍,說:「剖開你的肚子就可以看見了。」「剖開肚子,性命焉存?玄奘師傅的衣缽還賴我以傳呢。」「執著幻相,居然還要傳法,三車和尚的說法倒有些道理呢。」窺基又惱又驚,一下子把劍插入腹部。這時只見兩道白光如長虹一般從腹中躍出,照映山下,窺基於是看見了無數人沉淪在深淵裡,飽受酷刑,在絕望地掙扎著。這時,仙童又扔下兩軸紙和一管筆,轉身進城。窺基接住,仰頭一看,城市也無影無蹤了。天亮醒來,窺基驚魂未定。
到了夜裡,寺里發出萬丈光芒,經久不散,窺基循光而去,發現是兩軸書在發光,展開一看,竟然是《彌勒上生經》,聯想昨晚所夢,料是彌勒菩薩令我造疏弘通,遂提起筆,卻見筆端掉下了幾粒舍利,有含桃那麼大,呈紅色,隨後又掉下幾粒舍利,狀如黃粱粟粒。窺基恍然徹悟:原來是佛祖感化我,讓我疏通佛理,以大慈悲之心去救濟苦難眾生啊。想當初發願把佛理融匯一貫,擔心參雜譯經會失去佛法的精華,只得到佛法的皮相,正好比夜裡夢見莊嚴法相,早晨起來卻去尋找自馬。我何等糊塗,注經是為濟世,不為逞才!而我卻是去找白馬啊。
窺基這麼一悟,從此在佛法上勇猛精進。回到慈恩寺後,更加勤奮著述,疏通大小乘教典籍上百種,人稱「百本疏主。」
玄奘所譯之《唯識論》,起初與神昉、嘉尚、普光四人同受,或潤色,或執筆,或檢文,或纂義等,幾年後,窺基提出要退出此譯事,玄奘問其故,他說:「大家一起從事翻譯,雖能得法門之糟粕,但失卻玄源之純粹,我不喜歡做這種雜糅性的工作,若獨立完成,一者自己想法能夠得到表達,再者有責任則自己承擔。」玄奘遂同意他之要求,請另外三個人退出此譯事,交窺基獨立完成。這乃是量材授任也。那一段時間,窺基隨侍玄奘左右,隨受隨錄,撰寫所聞,玄奘常給他獨自講解唯識之學。
其時,西明寺有一圓測法師,亦是聰穎異常之輩,曾派人暗中偷聽玄奘給窺基獨自講授的唯識之學,之後自己加以串通詮釋。玄奘為窺基剛講解完畢,圓測也在西明寺鳴鐘集眾,講解起《唯識論》來了。窺基知道此事後,很慚愧自己竟居其後,甚是惆悵。玄奘就勉勵他說:「圓測雖造疏,通唯識之學,但不懂得因明理論。」於是就為窺基講解陳那的因明理論。窺基精通了陳那的「三支作法」等新因明學說,縱橫立破,述義命章,一時沒有人能與他相抗衡。
另外,還有一種說法,曰:玄奘為窺基獨自講解《瑜伽師地論》,又被圓測派人偷聽先講,玄奘就對窺基說:「他雖會《瑜伽論》,但「五種種性說』我只傳授給你,只有你能弘通,別的人則不行。」
還有一種說法,曰:窺基到太原傳法時,有三車相隨,前乘經論,中車自乘,後車載家妓、女僕、食饌等。在路上碰到一位老父,問他車中所乘何人。窺基答道:「是家眷。」老父曰:「你對佛法很精通,但卻攜帶家眷,恐與佛法不相稱!」窺基聽後,頓悔前非,爽然獨往。有說此老父乃文殊菩薩之化身。這些都是外界的傳說。窺基跟隨玄奘在玉華宮翻譯經典時,若有三車,又安放於何處呢?
窺基隨處弘法,利益羣生。東行至博陵,有人請他講解《法華經》,遂造《法華經疏》,等他回到本寺後,常與以前一起從事翻譯的道友交遊,多次會見道宣律師。於永淳元年(公元六八二年)患疾,至十一月十三日入寂於長安慈恩寺翻經院,世壽五十一,法臘未詳。葬於樊村北渠,靠近玄奘塋隴。弟子哀悼,葬禮隆重,僧俗二界送葬者滿山遍野。
窺基生前精進不懈,曾造彌勒像,對著像每日誦一遍《菩薩戒》,表示願生兜率內院。又於五台山造玉石文殊菩薩像。寫金字《般若經》。其弟子對他很崇敬,視之如玄奘法師。大和四年(公元八三○年)七月,遷塔至平原。大安國寺沙門令儉檢校塔亭,移棺時見基齒四十餘顆不斷如玉,有說此乃是佛三十二相中之一相也。後來,中國
佛教界多稱窺基為「百部疏主」。但窺基其人,相貌魁梧,有桓赳之氣,而心地慈善,誨人不倦。至於窺基之名諱,各書記載不盡相同,《慈恩傳》中稱:「玄奘法師於龍朔三年(公元六六三年)在玉華宮譯《大般若經》終筆,其年十一月二十二日,令大乘基奉表奏聞,請皇上制序。」此處稱之為「靈基」;而《開元釋教錄》又稱之為「窺基」,或稱之為「大乘基」……,今海內僧俗二界多稱之為「慈恩法師」。
永淳元年(公元682每)的一天,窺基象往常一樣趺跏入定,他的朋友宣律師知道他在神遇佛教天王的使者,但這次時間很長,宣律師感到奇怪,窺基說:「剛才大乘菩薩來了,侍從極多,我的神通被壓制了。」過了不久,窺基就逝世了。他的墳塋緊靠著玄奘的骨塔。弟子們悲痛不已,都懷念這位心地仁慈,誨人不倦的大師。