牧夫座空洞与上述的这种天体结构存在着很大的差别，这里的结构呈现出纤维状特征，而且十分空旷。
银河系的直径大概为10万光年，其中就有多达1000亿到4000亿个恒星系，而银河系所在的室女座超星系团直径约为1.1亿光年，其中像银河系这样的星系多达2000个以上。对比一下，牧夫座空洞所在的区域直径超过了2亿光年，比室女座超星系团还要大，但是其中已知的星系却只有60个，即便是同宇宙的平均密度进行比较，这里的物质密度依旧只有宇宙平均密度的十分之一而已。
如果说宇宙的空旷令人害怕，那么牧夫座空洞就更加令人不寒而栗，是什么力量导致了如此巨大空洞的形成呢？
关于牧夫座空洞主要有两种不同的猜测，第一种猜测认为牧夫座空洞的形成与高等文明有关。卡尔达舍夫等级将宇宙文明分为三个不同的级别，如果一个文明能够利用所在行星的全部能源，那么就算是达到了第一宇宙文明，而第二宇宙文明则是能够利用所在恒星系的全部能源，最后的第三宇宙文明则能够利用所在星系的全部能源。
能源是制约一个文明发展的关键性因素，随着文明发展，对于能源的需求也会相应提高。
以地球为例，在现代科学诞生之前，人类的能源消耗速度是非常缓慢的，而近300年间，人类的能源消耗速度已经出现了飞跃式的提升，终有一日，地球上的能源会被人类消耗殆尽，而那时的人类文明将会上升到一个新的层次，我们将会设法获取太阳的能量。就如卡尔达舍夫等级所标示的那样，第三宇宙文明可以利用所在星系的全部能源，这同时也意味着它的能源消耗速度是巨大的。
我们可以假设在牧夫座空洞所在的区域存在着一个或数个高等文明，这些文明迅速地消耗着这一区域的能源，于是这里的恒星越来越少，随着时间的流逝，一个个星系被从宇宙地图上抹除，终于这里变成了一片空洞。
当然，这只是一种猜想，虽然合乎逻辑，但却没有任何证据。另一种相对保守的猜想认为，之所以牧夫座空洞会让人感觉如此特别，并不是因为这片区域真的有多么特别，而是人类对于宇宙的了解还太少。
这种猜想认为，人类目前所知的宇宙运行规律只是冰山一角，在我们所知的物质和能量之外还存在着一些未知的物质和能量，而这些东西就被统称为暗物质和暗能量。
我们虽然无法洞悉暗物质的存在，但这些物质却在影响着宇宙的运动和结构的形成，牧夫座空洞实际上并不像看起来那样空，在这片区域之中存在着大量我们咱们还看不到的暗物质与暗能量。不管是哪一种猜测，目前都只能是猜测，我们没有任何办法去证实它们。当我们环顾身旁，看着围绕太阳运行的八大行星，我们感觉自己对于宇宙的了解很多，而当我们看向远方，深空则会提醒我们是多么的无知。
