罗帅和肖华辞任院长和副院长，他升为一把手，依然向罗帅汇报工作

莫文骅将军特别会做政治工作，战争年代长期担任要职，解放后也是被罗荣桓和肖劲光抢着用。

莫文骅解放后在东北军区担任副政委，去北京开会时，被罗荣桓邀请到总政工作。

罗荣桓让他到总政来工作，目的是明确的。总政准备筹建政治学院，希望他担任副院长，负责学院的日常工作。

政治学院成立后，级别不低，属于大军区级别，院长是罗荣桓兼任，第一副院长是肖华，莫文骅担任第二副院长。

因为罗荣桓和肖华在总政工作比较多，学院的日常工作都是莫文骅来负责，他经常向罗荣桓汇报工作。

他担任副院长长达7年时间，到了1961年，罗荣桓身体不好，辞任院长，肖华也辞去了第一副院长，上级任命莫文骅为院长。

他在担任院长期间，为政治学院的建设和发展贡献非常大，但也受到过一些委屈。

1965年，他被错误批判，离开了工作岗位，到了福州军区担任副政委。在福州工作时间很短，被叶帅留下，问题得到平反，恢复了职务。

工作1年多后，他就被扣上了“刘邓黑干将”，与吴克华、肖华为“三华反三军”。他中断工作长达8年时间，直到1975年才恢复工作。