據媒體報道，「瓦格納」創始人普里戈任的專機已經抵達了白俄羅斯軍事機場，並住在一間沒有窗戶的房間里，外媒認為，他這是在保護自己的安全。雖然普京已經宣布不再追究普里戈任的刑事責任，並表示會繼續接受未參與「叛變」的瓦格納士兵，但是此事顯然不會輕易翻篇，普京的清算很快就到了。
普里戈任雖然在白俄羅斯被保護起來，但是他的一些部下還留在俄軍的控制範圍內。據俄媒報道，瓦格納派駐在敘利亞的指揮官已經被俄羅斯憲兵隊抓捕，在俄天空軍任職的三名瓦格納軍官也被抓了。瓦格納在土耳其等地的辦公地點，基本上都遭到了俄羅斯軍警的調查。
俄羅斯憲兵隊相當于軍警，既然出動逮捕瓦格納高層，證明俄方認為他們已經觸犯了法律。普京看在盧卡申科的面子上赦免普里戈任，但是對於那些參與「叛亂」的瓦格納軍官，普京展現出了自己鐵血的一面。當然，普京開始對瓦格納集團進行清算，並不是泄私憤，而是為俄羅斯穩定考慮，畢竟，瓦格納的無序擴張所帶來的後果，已經讓俄羅斯高層嘗到了一次驚嚇了。
瓦格納雖然是俄羅斯僱傭兵組織，但由於是私營軍事力量，並不完全受俄方掌控，而是對普里戈任馬首是瞻。這些年裡，瓦格納不僅在俄羅斯招兵買馬，還將勢力擴張到非洲和中東地區。對於這樣一股了解俄方軍事機密，且不受管控的強大戰力，俄軍方高層一直都很忌憚。因此，在向瓦格納集團分配軍事物資時，難免有失偏頗，更是加劇了瓦格納集團與俄軍方高層的矛盾。
除此之外，瓦格納集團中有不少軍官在俄羅斯軍事基地任職，瓦格納組織「反叛」速度如此之快，說明瓦格納對俄軍方非常熟悉。如今瓦格納的首領被「流放」至白俄羅斯，群龍無首的情況下，正是整頓瓦格納軍事力量的好時機。
不過，雖然普里戈任停止了「反叛」行動，但是他對俄軍方的不滿仍未消除，而且他對瓦格納集團的影響力還在，這可能是普京沒有痛下殺手的原因之一。當然，在清算瓦格納之後，俄羅斯軍方內部也需要進行整頓，雖然普里戈任作出了「謀逆」之舉，但並不能說明俄軍方就是無辜的。以目前看來，俄羅斯防長紹伊古的地位沒有動搖，參謀總長格拉西莫夫也沒有被撤下。但是據俄主戰派軍事部落客的消息來看，格拉西莫夫已經不被允許參與戰爭相關的決策。格拉西莫夫的副手、前俄烏戰場指揮官「末日將軍」蘇洛維金，在瓦格納起兵之後，呼籲普里戈任收手，之後就再無音訊。
英國媒體報道稱，根據美國情報單位的簡報，對於普里戈任的謀劃，俄方高層懷疑蘇洛維金早就知情，並對瓦格納集團抱有同情。有可能他現在正在接受審訊。美國情報官員認為，如果蘇洛維金沒有向普里戈任提供幫助，普京可能會保住他的職位，畢竟普京現在傾向於將責任全部歸咎到普里戈任身上，並不想在內部進行大洗牌。
值得注意的是，在普京對瓦格納集團進行清算時，美國也開始對瓦格納集團進行制裁。此前，美國還準備延緩對瓦格納的制裁，現在如此惱羞成怒，可能真的如外界傳言那般，瓦格納在領到西方的資金支持後，並沒有對莫斯科採取行動，美國成了冤大頭。
