雲南自古就是一個民族眾多的地方，元朝建立後，很多阿拉伯商人、波斯商人來到雲南、甘肅、陝西經商，並與當地的漢族女子成親，逐漸形成了一個新的民族——回族。
由於回民的生活習慣與漢民不同，因此從元朝至清朝，甘肅、陝西的回漢雙方長期無法和睦相處，在清朝末年更是如此。不過雲南的情況比甘肅、陝西的情況略好一些，因此也就導致當地的一些漢民皈依了回教，杜文秀就是其中之一。
杜文秀出生在一個漢民家庭，他的父親去世後，他的母親改嫁給了一個回民，並皈依了回教，而杜文秀也就是因為這個原因皈依回教的。
杜文秀從小在鄉學讀書，但在讀書之餘，他又跟回教阿訇學習回教經書，成了一個既懂漢族典籍，又懂回教經書的人。道光二十三年（1843年），杜文秀考中了秀才，此時杜文秀的理想是做個地方官員。道光二十五年（1845年），永昌發生了回漢衝突，杜文秀的母親和繼父皆死於這次衝突。
這場衝突導致回漢雙方互有傷亡，但回民略多一些，於是杜文秀便和一些村民進京告狀。道光帝很重視這件事，於是便派林則徐去調查情況。林則徐辦案公正，以「只論良莠，不分回漢」為宗旨，懲辦了一些引起衝突的漢民，但杜文秀等人對此處理結果並不滿意。
咸豐六年（1856年），回漢雙方又爆發了一次衝突，這次衝突的起因是回漢雙方的商人為了爭奪楚雄南安石羊銀礦，因此鼓動雙方百姓們械鬥。當地官府對此事的處置方式是「暗中挑撥，意在兩傷，借邀功利」，結果導致雙方的衝突更加激烈。
關於「雲南回民起義」，確實造成了大量百姓的傷亡，因此很多漢族讀者認為滇變的責任完全在於回民，其實當地的滿清官員才是導致衝突擴大的罪魁禍首。當時的滿清官員們擅長製造對立，故意激化不同族群之間的矛盾，導致雙方發生械鬥，清朝末年雲南的回漢衝突如此，廣東、廣西的土客械鬥亦是如此。
《咸同滇變見聞錄》記載：臨安漢族惡霸煽動漢人入南安州和楚雄府城捕殺回民，老弱鮮得免者。
《岑襄勤公奏稿》卷二《通籌滇事酌擬八條請旨遵辦折》提到：舒興阿和團練大臣黃琮以飭各府廳州縣聚團殺回。
很多漢族讀者認為在滇變中，只有漢民遭到了屠戮，但其實回民也曾遭到屠戮，不過屠戮他們的是當地的滿清官員，而漢民反倒在滇變開始時成了杜文秀等人報復的對象，確實非常無辜。後來，杜文秀意識到報復的對象不該是漢民，而是滿清官員，於是杜文秀便下令停止對漢民的屠戮，從此開始大量吸收漢民進入他的軍中，最終導致他的軍中漢民佔了「十之七八」，回民反倒只佔了「十之二三」。
咸豐六年（1856年）三月，大理的回民聽說滇西北鶴麗鎮標千總張正泰聚集無賴游勇屠戮了鶴慶、麗江、劍川、鄧川、浪穹等地的回民，馬上就要到大理了。大理的回民們非常恐慌，急忙去求大理知府唐惇培保護他們。唐惇培不肯，於是回民們便請知縣毛玉成保護他們，毛玉成同情回民，他流着眼淚向大理知府唐惇培和迤西道林廷禧提出妥善安置大理回民的請求，但均遭到拒絕。
咸豐六年（1856年）八月，杜文秀組建了了一支由回、漢、彝三個民族的百姓組成的軍隊，在蒙化廳宣布反清。緊接着，杜文秀率領他的軍隊前往大理府，當他們抵達大理府時，大理已無官軍，由於大理知府唐惇培在聽說杜文秀率軍向大理進發的消息後，已經率先逃跑了，因此大理的官軍也都已經逃離了。此時的大理府只剩下了知縣毛玉成和數十個衙役，他們本想保護當地的回民、漢民、彝民，而且毛玉成曾經因同情大理回民而落淚，並竭盡全力的保護大理回民，但最終依然死於杜文秀等人之手。
咸豐六年（1856年）九月二十五日，杜文秀被蔡發春、李芳園、呂藩、楊榮、蔡廷棟、藍金喜、馬金保、劉綱、陳義、朱開元、張子經等漢回首領推舉為「總統兵馬大元帥」，建立了「大理政權」。
杜文秀畫像（今日頭條：品讀歷史與名著）
杜文秀建立「大理政權」後，以招募和脅迫兩種方式增加兵力，使漢、回、彝、白、傣、苗、壯、哈尼、景頗、納西等十餘個民族的大量百姓加入了「大理政權」。緊接着，杜文秀大封「百官」，在「大理政權」的297 名統屬官職中，漢、白、彝、景頗、納西等族官員達到了284 人，回族官員僅13人。
杜文秀在反清前期以回族人蔡發春為主將，蔡發春戰死後，杜文秀以楊榮等漢族人為主將，「雲南回民起義」從此開始由漢民主導。楊榮等漢族人成為「大理政權」的主將後，杜文秀處處受到掣肘，他因此倍感憂慮，但他此時想重新過普通百姓的生活已經是不可能的事情了。
從咸豐六年（1856年）至同治六年（1867年），「大理政權」先後攻佔了鎮南、姚州、趙州、彌渡、賓川、鄧川、浪穹、雲龍、麗江、鶴慶、劍川、永昌、永平、龍陵、騰越、順寧、雲州、緬寧、永化、蒙化、大姚、姚安、廣通、中甸、維西、祿豐、安寧、思茅、普洱、羅次、武定、元謀、祿勸等五十三座城池。
「雲南回民起義」最初以回民為主導，後來逐漸以漢民為主導，而杜文秀軍中的回族首領與漢族首領並不是一條心。回族首領們企圖建立回教國，而漢族首領們則想利用滇變的機會，推翻滿清朝廷，恢復華夏王朝；但由於滇變後期，清朝的白族大將楊玉科率領清軍成功收復了除大理之外的滇西及滇中的所有土地，楊榮自知「大理政權」已無勝算，於是便勸杜文秀投降。
杜文秀不甘心失敗，先後派人到英屬印度和奧斯曼帝國求援，結果遭到婉拒。杜文秀無奈，只得服毒，楊榮、蔡廷棟趁杜文秀剛服下毒藥還未死的機會，將杜文秀綁至楊玉科的大營內乞降。楊玉科下令將瀕死的杜文秀斬首，將楊榮、蔡廷棟關押，並在三天後將此二人斬首。楊榮、蔡廷棟本想以獻出杜文秀的方式保住各自的性命，結果也落得被斬首的下場。
「雲南回民起義」共計持續了十八年，給清朝造成了極大的打擊。如今有很多人認為杜文秀的所作所為完全不具備起義的性質，但實際上杜文秀的軍隊的目標是除掉滿清官員，他並沒有像陝回首領白彥虎那樣大肆屠戮無辜百姓，而是大量吸收漢民加入「大理政權」，並且除掉了滇西、滇中各地的很多滿清官員；另外，「大理政權」始終以「遙奉太平天國」為口號，太平軍覆滅後，杜文秀甚至認為「大理政權」是太平天國的延續。
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