宋神宗熙寧末年轟轟烈烈的王安石變法再次遭遇到巨大的打擊，繼變法派的二號人物呂惠卿被貶官外放後，主持變法的王安石也自請辭去宰相之位。如此以來，變法派兩位重要的領袖都離開了朝廷中樞，新法的推行面臨著半途而廢的危機。對於這場危機的出現，歷史學者們眾說紛紜，給出了不同的解釋。很多人認為是保守派的勢力太大，給予了宋神宗極大的政治壓力，才迫使他做出外放呂惠卿和將王安石罷相的決定。然而從史書上來看，這種說法並不完全正確。宋神宗如此調整朝廷中樞的布置，實際上有着更深層次的原因。
根據當時的歷史背景分析，雖然保守派的反對聲依然大，但佔據整個朝堂中樞的還是變法派。實際上自呂惠卿上台以來，他組織新黨向舊黨發起反擊，貶謫了大量反對變法的舊黨官員，這使得反對派舊黨勢力在朝廷中已經逐漸減小了。對於熙寧變法以來反對派勢力的變化，可以發現熙寧末年遠比熙寧七年北方大旱時期要小得多。宋神宗能在當年扛着北方大旱的政治壓力下力挺新法，又怎麼會迫於壓力連續罷黜兩位變法的領袖人物呢？更何況王安石還是在前一年他和韓絳加急請回的，這就更沒有必要將其放棄了。
不論是王安石，還是呂惠卿，對於熙寧新法的推廣都是有着舉足輕重的作用的。在變法的活動中，宋神宗將這兩位看作是富國強兵的重要支柱。如果沒有王安石，熙寧變法不可能轟轟烈烈地展開，也無法緩解宋英宗留下的爛攤子。如果沒有呂惠卿，新法早在熙寧七年的政治壓力下被廢除了，更不會有後來變法派新黨遍布朝廷中樞的良好局面。可以說在熙寧末年之時，宋神宗實際上是面對着變法以來最好的局面。在變法初期大力阻礙變法的保守派大臣，如司馬光、馮京、韓維等人都相繼被貶，新法面對的阻力空前減小。
在這樣的鬥爭形勢下，本是變法派乘勝追擊的時候，卻突然出現了兩位重要人物相繼離任的危局。這樣的情況使得新法推進備受打擊，一度出現中斷。就當時的形勢而言，單純地認為宋神宗承受不住保守派的壓力，使得新政政策上出現搖擺，實際上是不符合實際情況的。綜合各方面的史料來分析，當時出現這種局勢的突變，更多的是變法派內部出現了問題。這些問題造成了變法派內部分裂，使得原定政策難以繼續下去，不得不進行中樞人員的調整。而導致這一切的根源，便是在王安石和呂惠卿兩位變法派大佬的身上。
前文講過，王安石和呂惠卿並沒有本質上的矛盾，只是對變法的實施路線有所衝突，進而引發了他們之間的政治矛盾。王安石是溫和的變法派，因為有眾多朋友是保守派的大臣，所以不願意將變法推入到黨爭的境地。因此他執政時極力控制鬥爭的烈度和範疇，防止出現朋黨之爭。由於這樣情況的出現，使得變法派一度被保守派壓着打，在新法的推進上極為艱難。而且保守派利用王安石的君子作風，以黨爭的手段進行抨擊和攻訐，迫使他第一次罷相。這也是造成了熙寧新法進入第一次危機，差點被徹底廢除的根源所在。
正是由於呂惠卿的力挽狂瀾，才阻止了保守派第一次廢除新法的政治攻勢，讓新法得以繼續維持下去。因此呂惠卿成為變法派中激進大臣的代表，也成為變法派的二號人物。呂惠卿對於變法的思路很極端，就是要先用黨爭打垮保守派，然後才能夠順利地推行新法。在他的主持下，變法派進化成了新黨，用黨爭的手段把保守派趕出了朝廷中樞，使得新黨勢力大增。但同時宋朝朝廷朋黨之爭也因此而被挑起，原本局限於變法範圍內的政治鬥爭，逐漸演變成新黨和舊黨之間的政治鬥爭，這讓宋神宗比較的難以接受。
於是在保守派宰相韓絳的提議下，宋神宗召回了王安石，準備讓其代替呂惠卿主持變法。但這樣一來，變法派內部便出現了政治理念上的衝突。一部分是支持王安石的溫和派，一部分是支持呂惠卿的新黨。於是還沒等來保守派舊黨的反擊，新黨內部先互相掐了起來。
在新一輪的政治鬥爭中，呂惠卿成為了重點攻擊的對象。一開始是他的弟弟呂升卿因罪被遣出京師改任江南西路轉運副使，然後他又被御史蔡承禧彈劾結黨誤國等多項罪名。最誇張的是王安石的兒子王雱，他指使御史中丞鄧綰告發呂惠卿兄弟強借華亭縣富民五百萬，並與知縣張若濟強買田地作惡。
由於涉及到了王安石的兒子王雱，事情就變得非常激烈了。新黨內部出現了巨大的裂痕，支持王安石和支持呂惠卿的互為敵視，使得政治鬥爭走向了不可預測的方向。新黨的存在本是為了推進新法，現在卻搞得內訌爭鬥，這也讓宋神宗非常不滿。最後呂惠卿罷相出知陳州，新黨因內鬥而受到重創。呂惠卿外放前寫下自辯書，宋神宗將其拿給王安石看。王安石才知道王雱在後面下黑手，氣得大罵王雱，而王雱在怒急攻心之下卻背疽複發而亡。這也使得王安石備受打擊，讓他難以在朝堂中繼續主持變法事務了。
如果說宋神宗貶謫呂惠卿是為了平息變法派內部的紛爭，那麼允許王安石自請罷相便是形勢所迫。由於呂惠卿被貶，而王雱在案件中又起到了幕後黑手的作用，所以王安石也就受到了新黨內部官員的譴責。背後下黑手這種事情，從古至今都是受到公眾鄙視的。王雱下黑手的目標居然不是保守派，而是新黨大臣，這讓盟友們怎麼接受？雖然有證據表明王安石沒有參與，但說出去有幾個人能相信？王安石這次是被兒子坑得結結實實，不但給新黨造成巨大損失，就連王安石本人的政治名譽也被抹黑得一塌糊塗。
王安石自己也沒有顏面繼續主持變法工作，而宋神宗也不敢完全地相信他了。這個信任度的降低不是在王安石的品格上，而是在於他的公信力上面。王安石的公信力受到內部團隊的質疑，這會使他推進新法時收到內部阻礙，最終影響新法推行的成效。除此之外，王安石在變法的第三個內容上，也與宋神宗產生了分歧。最初兩人擬定熙寧變法的方向時，確定了富國、強兵和取士三個方向。熙寧年間主要搞的是前兩個，接下來就會在取士和官制方面進行推進。但王安石和宋神宗對於官制的改革，卻有着不同的看法。
在宋朝初年，為了防止宰相權力過大，趙匡胤和趙光義頒佈了很多做官捷徑的程序，允許開國功臣的子孫以「恩蔭」世代做官。這樣一來不但跳過了科舉這個重要的取士手段，而且使得機構重疊官員冗餘，同時又出現了官職與權力之間的混亂和悖離。冗官從宋真宗年代起就成了宋朝社會的一大頑疾，而且越來越嚴重。這不僅給國家帶來很大的混亂，也使得國家公務開支巨大，費用消耗極大，讓國力日漸削弱，朝廷的辦事效率也非常低下。因此在很多大臣關於變法的建議中，改革官制和取士流程都成為了重要的一條。
由於宋神宗剛即位時國家處於疲敝的狀態，不但經濟上困難，而且政治上也被保守派壟斷，所以官制改革便被壓在了最後。經過熙寧年間的變法，國家的元氣大為恢復，官制改革就被提上日程了。王安石對於官制改革還是比較保守的，他不太願意觸及保守派核心利益，所以提出了「董正官制之實」的建議。其目的是在小範圍內調整官制，讓官職恢復原有的職能和作用，減少冗官和混亂的官職。而宋神宗則比王安石更大膽，他提出要恢復唐朝三省制的舊例，加強中央集權，削減冗官和吃空餉的閑散官員以節約公務費用。
如果說王安石的富國強兵是削弱士大夫文官集團在民間的利益，那宋神宗的官制改革就是從政治上挖士大夫文官集團的牆角。這種改革是最為艱難的，也是最血腥的，必然會受到千夫所指。宋仁宗時代慶曆新政之所以失敗，就是因為范仲淹和歐陽修把官制改革放在了開頭，一開始就觸犯了保守派的利益，遭到了迎頭痛擊。王安石是吸取了范仲淹的經驗教訓，才將官制改革放在後面，而且還不敢搞得太大，怕弄得天下大亂。宋神宗如此激進的改革策略，讓內訌後的王安石來推行，實在是有些強人所難了。
王安石的公信力受到內外質疑的情況下，再去搞官制改革，會被人說成了藉手中的權力打擊報復。如果是韓琦這種不要臉的官員，自然厚着臉皮就幹了。王安石是君子，受不得這種刺激，最終只能以失敗而告終。而且面對官制改革的巨大阻力，沒有團結一致的新黨是不行的。王安石的存在讓新黨無法團結起來，也不利於啃下官制改革這個硬骨頭。從歷史發展的情況來看，宋神宗是意識到了這一點的，所以從官制改革開始就把自己推到了前台。他以皇帝身份主持官制改革，這便是奠定宋朝未來兩百年朝廷根基的元豐改制。
總的說來，宋神宗在新黨內訌後進行的一系列官員調整，都是提前為了元豐改制布局。將呂惠卿貶謫是為了平息新黨的分裂內訌，同意王安石請辭罷相是為了親自站到變法的一線。官制改革這種影響政治制度的改革，任何宰相都無法承擔的，只有讓皇帝親自出馬才行。宋朝初年的軍事和政治改革，也是趙匡胤和趙光義親自動手的。皇帝的特殊身份，讓下面的反對派找不到攻訐的正面目標，反而有利於新制度的推行。如果是宰相主持改革，必然會被扣上各種帽子。於是宰相們要麼縮手縮腳，要麼陽奉陰違，最終只能流於形式，無法達到預期目的。
