一九一三年三月二十日，國民黨代理理事長，三十一歲的青年政治活動家，宋教仁遭暗殺。臨死之際還向世凱進言，「望總統開誠心，布公道，竭力保障民權」。
孫中山於二十五日由東京趕回上海，並親致輓詞：作民權保障，誰非後者。為憲法流血，公真第一人。
宋案發生以後，袁世凱裝腔做勢地下了一道嚴緝兇手的命令。二天之後，也就是二十三日，有一古董商人王阿發提供線索，上海流氓應桂馨有雇兇殺人嫌疑。捕房根據線索捉到應桂馨，第二天，又在應宅捉到正凶武士英。且在應宅中還搜出應桂馨與內務部秘書洪述祖往來的密電本及函電，以及五響手槍一支。
這些證據已充分表明，國務總理趙秉鈞是這次暗殺的主使者，而大總統袁世凱似乎亦無法洗清干係。
三月二十六日，有以國務院名義的通電至各省「據應夔丞（桂馨）23日函稱，滬上發現一種監督政府、政黨之裁判機關，宣告宋教仁、梁啟超、袁世凱、趙秉鈞、汪榮寶等之罪狀，特先判決宋教仁之死刑，立即執行」。這個電文的用意當然是很明確的，欲將國人的視線轉移到一個根本不存在的所謂的「裁判機關」上去。說他袁世凱、趙秉鈞也在將被暗殺的名單之內呢。頗有以此起到混淆事實的感覺。
這個時候，趙秉鈞提出要辭職。袁世凱許其請假，後來趙一再續假。最後趙秉鈞被調任直隸都督。
宋教仁被槍殺之後，趙秉鈞千方百計想擺脫與自己的干係。他向外界發表談話，聲稱他與宋教仁是最好的朋友。他說「遁初（宋教仁）經常住在我家裡，彼此無話不談。他離京時欠下5000元的債，就是我替他償還了的」。對於洪述祖，他說是唐紹儀介紹過來的。談到他自己時，他說「我四十歲就是一個消極主義者，五十歲更是一厭世主義者」。
然而，證具就擺在那裡，洪述祖是他的機要秘書。無論他如何表白也是難以洗脫干係的。
清帝退位的時候，趙秉鈞曾充當如戲台上「華歆」華太尉的角色。也不會是一個「厭世主義者」所當為的。
洪述祖與袁世凱也有直接的聯繫。袁曾通過洪述祖致電應柱馨，許以「毀宋酬勛位」。
這時，國民黨方面建議組織特別法庭來處理宋案。袁世凱極力表示同意，並要「窮究主名，務得確情，按法嚴辦」。暗中卻指使司法總長許世英以「不合編製」加以阻止。
四月二十四日，當應桂馨和武士英被移交到上海地方檢察廳接受看管，殺人真兇武士英，在獄中不明不白死亡。七月二十五日，應桂馨在一夥流氓的幫助下逃出牢獄。他卻公然跑到北京，要求袁世凱給他「勛二位」、現金五千萬。袁世凱派軍政執法處偵探長郝佔一把他刺死。
感覺到袁世凱兔死狗烹、殺人滅口手段太辣的趙秉鈞，亦曾打長途電話抱怨袁世凱：「應桂馨如此下場，今後誰敢替總統辦事？」
一九二四年二月十七日，時任直隸都督的起秉鈞，死於食物中毒（一說「中風」），而洪述祖在逍遙法外幾年後，於一九一九年四月五日，以主使殺人罪被處以絞刑。
