前一世活佛圓寂後，轉世靈童的尋訪、認定，要經過一系列複雜的程序，特別是一些大活佛的認定不僅手續繁雜，而且充滿了神秘色彩。
第一道程序是龍單，查看剛去世的活佛寫過的信、寫過的詩，信中是否有什麼隱喻或預言性的話，詩是否為藏頭詩等，如十六世噶瑪巴圓寂前的遺囑中，就描述了自己轉世之地的方位和特徵。
第二道程序記錄神旨，西藏確定有四個可下神旨的地方，1、達孜縣境內的拉穆，2、拉薩哲蚌寺東南山下的乃瓊，3、拉薩哲蚌寺西北不遠的噶瓦東，4、山南扎囊縣的桑耶。尋訪靈童的團隊在其中一地方，通過相關儀式認定神已附體的人，把他說的話當神旨記錄下來。
第三道程序打卦，通過打卦尋找出轉世的方位和其他的一些信息，與記錄的神旨相互印證。
第四道程序最為重要「觀湖」，達賴和班禪都有各自的靈魂湖，叫做喇嘛納措，喇嘛們來到湖邊獻上貢品和哈達，向湖中敬獻一隻裝有祈禱經文的瓷瓶，之後便盤坐在湖邊虔誠誦經祈禱，仔細觀察湖水波紋、倒影顯現出的景象，能否看到轉世靈童的家庭情況，房前屋後的特徵。
第五道程序是辨認遺物，尋訪團的喇嘛們故意穿得破破爛爛的，一旦他們在前面確定的地區遇到小孩子，那孩子又正好撲向穿得最破爛地位又最高的喇嘛，那他們就會對這個孩子進行考驗，拿出大活佛生前用過的物品和一些贗品，如果小孩子抓住的全都是真品，他們就會立馬宣布身份說這孩子認得前世的物品，但也很有可能尋訪的方向，會遇到好幾個抓住全是真品的小孩子，這十分具有偶然性，就須要朝認定方向一直走。
第六道程序金瓶掣籤，乾隆57年製成兩個金奔巴瓶，奔巴是藏語瓶的意思，一個在北京雍和宮，一個在拉薩大昭寺，將每一個靈童的名字用滿 、漢、 藏三種文字寫在象牙製成的簽上，除此之外還有一個空白簽，用紙包好放入金奔巴瓶中，然後喇嘛們誦經七天七夜，誦經結束後由駐藏大臣或者理藩院尚書，拿一雙金筷子在瓶中攪動三匝，拈出一個紙包，抽中的孩子就是清朝政府承認的下一任大活佛，若是抽中空白簽，則所有程序重新啟動。
這個尋訪的過程可能要幾個月甚至幾年，整個程序結果認定後，會上報中央政府批准、冊封，由中央派要員主持坐床儀式頒授金冊、金印，靈童才可以用新活佛的身份開始宗教活動。
