牧夫座空洞與上述的這種天體結構存在着很大的差別，這裡的結構呈現出纖維狀特徵，而且十分空曠。
銀河系的直徑大概為10萬光年，其中就有多達1000億到4000億個恆星系，而銀河系所在的室女座超星系團直徑約為1.1億光年，其中像銀河系這樣的星系多達2000個以上。對比一下，牧夫座空洞所在的區域直徑超過了2億光年，比室女座超星系團還要大，但是其中已知的星系卻只有60個，即便是同宇宙的平均密度進行比較，這裡的物質密度依舊只有宇宙平均密度的十分之一而已。
如果說宇宙的空曠令人害怕，那麼牧夫座空洞就更加令人不寒而慄，是什麼力量導致了如此巨大空洞的形成呢？
關於牧夫座空洞主要有兩種不同的猜測，第一種猜測認為牧夫座空洞的形成與高等文明有關。卡爾達舍夫等級將宇宙文明分為三個不同的級別，如果一個文明能夠利用所在行星的全部能源，那麼就算是達到了第一宇宙文明，而第二宇宙文明則是能夠利用所在恆星系的全部能源，最後的第三宇宙文明則能夠利用所在星系的全部能源。
能源是制約一個文明發展的關鍵性因素，隨着文明發展，對於能源的需求也會相應提高。
以地球為例，在現代科學誕生之前，人類的能源消耗速度是非常緩慢的，而近300年間，人類的能源消耗速度已經出現了飛躍式的提升，終有一日，地球上的能源會被人類消耗殆盡，而那時的人類文明將會上升到一個新的層次，我們將會設法獲取太陽的能量。就如卡爾達舍夫等級所標示的那樣，第三宇宙文明可以利用所在星系的全部能源，這同時也意味着它的能源消耗速度是巨大的。
我們可以假設在牧夫座空洞所在的區域存在着一個或數個高等文明，這些文明迅速地消耗着這一區域的能源，於是這裡的恆星越來越少，隨着時間的流逝，一個個星系被從宇宙地圖上抹除，終於這裡變成了一片空洞。
當然，這只是一種猜想，雖然合乎邏輯，但卻沒有任何證據。另一種相對保守的猜想認為，之所以牧夫座空洞會讓人感覺如此特別，並不是因為這片區域真的有多麼特別，而是人類對於宇宙的了解還太少。
這種猜想認為，人類目前所知的宇宙運行規律只是冰山一角，在我們所知的物質和能量之外還存在着一些未知的物質和能量，而這些東西就被統稱為暗物質和暗能量。
我們雖然無法洞悉暗物質的存在，但這些物質卻在影響着宇宙的運動和結構的形成，牧夫座空洞實際上並不像看起來那樣空，在這片區域之中存在着大量我們咱們還看不到的暗物質與暗能量。不管是哪一種猜測，目前都只能是猜測，我們沒有任何辦法去證實它們。當我們環顧身旁，看着圍繞太陽運行的八大行星，我們感覺自己對於宇宙的了解很多，而當我們看向遠方，深空則會提醒我們是多麼的無知。
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