2022年12月1日，Science雜誌發表的一篇論文聲稱SARS-CoV-2的Omicron變體在被發現之前在非洲的廣大地區逐漸出現，但於12月20日被其作者撤回。在撤稿通知中，參與該論文的所有 87 名研究人員均承認，研究結論所依據的關鍵基因組序列是污染的結果。通訊作者——柏林夏里特醫學院的Felix Drexler說：“我們犯了一個錯誤，這讓人感到痛苦。”
這篇論文幾乎從發表的那一刻起就招致了批評，一些科學家表示，如果這項研究先以預印本的形式發布，允許獨立科學家發表評論，這個問題本可以被避免。牛津大學的進化病毒學家Aris Katzourakis說：“這篇文章在預印本上，幾天內就會在Twitter上遭到封殺。”
Omicron於2021年底在博茨瓦納和南非首次被發現，並迅速傳播到世界各地，此後一直主導着這場大流行病。它的確切起源一直是個謎，部分原因是Omicron與之前流傳的變體大不相同。
研究人員提出了幾種解釋病毒變異的觀點。在一種情況下，該病毒在動物宿主體內經歷了長時間的進化，然後又回到了人類體內。在另一個案例中，它是在一名患有慢性感染的患者身上經過很長一段時間演變而來。第三種可能性是，該病毒一直在世界上一個很少有病毒被採集和測序的地區悄悄傳播和變異。
科學論文似乎證實了第三種可能。早在2021年8月和9月，即病毒在非洲南部爆發的幾個月前，研究人員就在來自東非和西非的25名患者樣本中發現了變異的證據。研究人員對來自貝寧的五個樣本的基因組進行了測序，發現它們具有Delta（以前的顯性變體）和Omicron的一些特徵，表明它們代表了進化的中間階段。
貝寧科托努，一名教師正在接受 COVID-19 檢測。在來自該國的樣本中，研究人員認為他們發現了代表 Delta 和 Omicron 變種之間進化的中間階段的病毒。
但是在斯克里普斯研究所研究病原體進化的Kristian Andersen表示，在論文發表之前，漸進進化理論已經“不在討論範圍內”。Andersen說，如果Omicron真的隨着SARS-CoV-2在人群中逐漸傳播而進化，它應該有更多的同義突變，這種突變不會導致病毒蛋白髮生變化，因為這種突變在人與人之間的傳播過程中通常會變得“固定”或永久建立。“這就是為什麼當這篇論文一經發表……立即就成了一個危險信號。”他說。
深入研究論文後，Andersen和其他研究人員迅速在Twitter上指出了不一致之處，並直接向作者指出。例如，作為Omicron早期祖先的基因組序列在前體中有許多預期的突變，但也有一些是後來進化的Omicron亞變體BA.1的典型突變。“這種模式表明存在污染問題，”亞利桑那大學圖森分校的進化生物學家Michael Worobey說。
Drexler承認，貝寧樣本中的一些小的基因片段——單獨測序然後組合在一起的基因組片段，似乎是污染的結果。該團隊得出結論，它基本上已經對Omicron和早期的SARS-CoV-2毒株進行了測序；然後計算機將它們拼接成一個基因組序列，該序列偽裝成介於Omicron和早期變體之間的病毒。Drexler說，從殘留樣本中再次對病毒進行測序並沒有複製早期的結果。
該論文的批評者說，這些錯誤應該在同行評審中被發現。
“有些棘手的問題當然需要被提出。”Andersen說。另一位科學家回應：他被Science雜誌邀請審閱稿件，並且要求保持匿名，而他在審稿報告中指出了這篇論文存在的缺陷。
Science主編Holden Thorp在一封電子郵件中寫道，“我們收到足夠多的來自審稿人的支持發表這篇論文”，但沒有詳細說明。“但僅僅因為我們獲得發表論文的支持，並不意味着我們不後悔這些問題在發表後才被發現，”Thorp補充道。“我們對在審查期間沒有弄清楚這一事實承擔責任。” （ Science雜誌的新聞部獨立於其編輯部。）
Drexler同意發布預印本可以避免論文的發表和撤回。似乎沒有必要急於發布這些信息，因為它沒有回答緊急的公共衛生問題，但“回想起來，我確實很後悔，”他說。
來源：
https://www.science.org/content/article/we-made-mistake-omicron-origin-study-retracted-after-widespread-criticism
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