海戰和陸戰都以荷蘭人的失敗告終，普羅文察堡也投降了，1661年對於荷蘭人來說真是糟糕的一年。
普羅文察堡投降了，現在就剩下熱蘭遮城了，熱蘭遮城最早是在天啟四年八月由荷蘭在台的第一任長官宋克建造的，但是據荷蘭人自己說的，最早的熱蘭遮城堡的防禦水平實際上相當差“沒有護城壕，也沒有柵欄或其他外堡”，這座城堡的防禦對象實際上只是島上反抗的農民以及其他的土著，這些人手中的武器非常差，所以對於荷蘭人來說，這樣一個簡易的城堡已經夠用了。但隨着局勢的變化，以及明荷關係的緊張，荷蘭人在1639年左右重新加固了熱蘭遮城堡，同時又建起了一座烏特力支圓堡。
荷蘭人向鄭軍交出城堡。
揆一記載說熱蘭遮城堡是“公司選定福摩薩西岸一塊寬約一平方里的荒蕪小沙洲作為根據地”位置在今天的台南市安平古堡，在400多年前，這裡實際上是四面環水。整座城堡分為上城和下城兩個部分，上城為四方形，四個角落都有棱堡，下城是1639年以後逐步建造起來的，共有三個棱堡，每個棱堡有12門加農炮，城堡的南方是拔鬼仔上尉喪命的北線尾沙洲，熱蘭遮鎮則緊靠城堡。相比於之前鄭軍攻打的清方城池而言，熱蘭遮城確實非常小，但是這座歐式城堡卻給鄭軍造成了不小的麻煩。
熱蘭遮城堡和熱蘭遮鎮。
鄭軍發動的這次不幸的進攻開始於5月25日的凌晨。鄭軍的火炮於天亮前兩小時猛轟熱蘭遮城堡，擊中了荷蘭長官署，在荷蘭人反擊之前，鄭軍總共開了大約40炮，後來戰後統計，擊中荷蘭長官署房屋的鄭軍炮彈多達53發，有一些18磅的炮彈，還有一些是24磅的炮彈，這些火炮給熱蘭遮城堡造成了不小的損害，被炮彈轟開的口子達到250多個，但是這些傷害並沒有破壞整個城堡的結構，因為城牆包磚後面是夯實的土台。荷蘭一方的人員損失較輕微，總共只有4人被擊斃，另有11人受傷。
鄭軍死傷慘重。
而鄭軍一方損失更為慘重，荷方記載根據捕獲的鄭軍俘虜交代，鄭軍在此戰中被打死了三百多人，後來甚至有消息傳出，此戰鄭軍傷亡高達六七百人，而這一消息恐怕有誤，或者說是荷蘭人對自己戰績的吹噓，因為攻台鄭軍諸鎮戰兵的人數大就在幾百人左右，如果按照荷蘭人的說法，至少有一個鎮已經失去戰鬥力了，但是並沒有。
但是可以肯定的是，這一仗確實打得很爛。在鄭軍的火炮陣地潰敗之後，荷軍有大約50人出城，包括十名火槍手以及士兵四十名，這些人的目的是奪取鄭軍的火炮以及鄭軍修築的籃堡上的旗幟，這些人出城之後發現鄭軍的火炮陣地一片狼藉，火炮七扭八歪，有些大炮炮口衝著天，通條還扔在裡面，炮彈扔了一地，還有大量的鄭軍死屍。
青銅炮。
這些荷蘭人開始用釘子封住大炮的火門，並且奪取旗幟，扒走死屍的盔甲，但是遭到了未撤走的鄭軍的襲擊，鄭軍箭如雨下，但這支出城的荷軍最終成功回到了城中，僅僅付出了戰死一人，受傷數人的代價，奪取旗幟63面。
明軍的旗幟。
不久，又有116名荷軍衝出熱蘭遮城繼續毀壞鄭軍遺留的大炮，同時開始毀壞鄭軍夯築的炮壘，但再次遭到了鄭軍的阻擊“一隊攜有弓箭、刀劍和旗幟的敵軍，從屋內衝到街道的邊角上”但是這隊鄭軍隨即遭到了熱蘭遮城炮火的壓制，被轟得七零八落“四腳朝天地飛散開來”，帶隊的鄭軍軍官也被打死在炮壘旁邊，最終到天黑，荷蘭人幾乎破壞了所有還能用的大炮，大約有二十六門左右，同時將一門六磅炮拖回城內，還把大量的鄭軍盔甲旗幟弓箭作為戰利品帶回城堡之內，這次出擊，荷軍戰死七人，受傷三十一人。
此戰，荷軍總共戰死十二人，受傷四十餘人，總共損失五十餘人，鄭軍損失不明，但人員的傷亡肯定要遠遠高於荷軍，被釘入釘子的大炮不久又被鄭軍搶了回去，修好之後再次投入使用。
應該說這次失敗並不是值得奇怪的，揆一指出鄭軍此時布置的炮兵陣地非常脆弱，荷軍居高臨下發炮轟擊，同時棱堡的獨特結構又能形成交叉火力，全方位地轟擊城外的敵軍。所以如果鄭成功軍隊大舉強攻的話，雖然熱蘭遮城堡內的戰鬥人員不過千人，但還是能讓鄭軍付出相當沉重的代價的。
咱們每個人做事之前，都得知道自己究竟想幹什麼，鄭成功也是如此，他為什麼來攻打台灣？就像前文所說的，他是為了一個更為穩固的後方基地，能夠向他提供源源不斷的糧草，所以從這個角度上來說，熱蘭遮城的荷蘭人其實並不重要，雖然他們時不時發炮轟擊熱蘭遮鎮上冒頭的鄭軍。整個台灣才是的重點，只要荷蘭人的老窩巴達維亞不派援軍來，或者說是派一支數量足夠威脅鄭軍的援軍，那就萬事大吉，熱蘭遮城裡的荷蘭守軍根本沒辦法威脅鄭軍，實際上鄭成功自己的援軍反倒在五月初到達，“五月初二，左沖、前沖、智武、英兵、游兵、殿兵等鎮到台灣。”
荷蘭東印度公司使用過的銅炮。
這下荷蘭人更沒戲唱了，鄭成功在熱蘭遮鎮留下馬信等部監視熱蘭遮城，總兵力大約2000人左右，自己帶着300多近衛回到赤嵌城（普羅文察堡）剩下各部都分散到台灣各地開墾荒地，籌集糧食，但是很明顯干這些活不比打仗更安全。
七月“援剿後鎮、後沖鎮官兵激變大肚土番叛，衝殺左先鋒鎮營，楊祖與戰被傷，敗回至省，病死之，圍援剿後鎮張志營，右虎衛、英兵鎮、智武鎮敗回 ”這一仗打的真是窩囊，鄭軍居然在正面衝突之中被土著人打得潰不成軍，楊祖在衝鋒之中被土著的標槍射中，不久就傷重而死，之後鄭成功調集重兵才將作亂的土人首領阿德狗擊殺，自此之後，他嚴令各部明軍不許攪擾土人部落。
中式帆船。
為什麼鄭軍會和土人發生過衝突？這原因不難猜，無外乎就是因為補給問題。咱們之前再說鄭成功在福建沿海的一系列作戰中必須要做的一件的事那就是征糧，沒有糧食，一切免談。鄭成功在廣東地區進行了一系列的搶掠甚至於屠戮敵對寨民，這些惡行的根源實際上都可以歸結為後勤問題，因為征糧，激起抵抗，然後鄭軍攻破寨子進行屠戮和搶掠。在台灣更是如此，17世紀其被開發的程度那可想而知，根本不可能為鄭軍提供大量的糧草，所以飢餓的鄭軍士兵四處武力征糧，自然就引起了阿德狗等土人的不滿。
飢餓開始襲擊鄭軍士兵們。
飢餓，同時還有疾病，不斷襲擊着鄭軍士兵們。鄭軍開始出現大量的非戰鬥減員，派往台灣南部的1000名士兵，因為飢餓和疾病最後居然有800人喪生，只有200名奄奄一息的士兵逃回，而赤嵌城（東都明京）的情況也不樂觀《先王實錄》的作者楊英甚至都因為飢餓而得病。
對於鄭成功來說，後勤問題是一個必須要解決的問題，但是現在他必須先解決眼前的問題，那就是如何對付荷蘭人的援軍，1661年八月，12艘荷蘭戰船出現在熱蘭遮城外的海面上。
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