從情理上，立朱標為太子以後，朱元璋對他是悉心教導，一心一意的培養他成為未來的繼承人。朱標這一死，按他自己定的規則，本來應該輪到第二個嫡子——秦王朱樉。但是朱元璋沒有這麼干，而是把朱標的嫡長子朱允炆立為皇太孫。
朱元璋死之前，馬皇后生的包括朱標在內的三個兒子都死了。朱元璋生前把皇位傳給太孫朱允炆是再合理不過了。因為朱允炆是嫡孫啊，而其它的活着的兒子都是庶子。但是，皇位沒傳給兒子，卻傳給孫子，朱元璋又不是沒兒子了。
這是為什麼？
朱元璋不傳位給能力更強的四子朱棣，而選擇皇孫朱允炆，是多重因素綜合作用的結果，背後涉及禮法制度、權力平衡、個人情感及政治考量。
朱元璋雖出身草根，但稱帝後極力推崇儒家禮法，尤其堅持“嫡長子繼承製”。太子朱標（嫡長子）去世後，按禮法應傳位給朱標嫡子而非其他皇子。朱允炆作為朱標次子（長子朱雄英早夭），其“嫡長孫”身份具有天然合法性。若跳過朱允炆改立朱棣，不僅違背禮制，更可能引發諸王對繼承規則的質疑，動搖國本。
即使另立皇子，朱棣作為第四子，繼承順位也低於二子秦王朱樉、三子晉王朱棡。朱標死後，朱元璋曾試探群臣立朱棣的可能性，但翰林學士劉三吾當即反對：“立燕王，置秦晉二王何地？”這直接點破了長幼有序的倫理困境。所以，雖然朱棣在文治武功方面最像朱元璋的，而且年紀又長，但是仍然不能立為太子，朱元璋只能作罷。
朱元璋如果按照順序選擇自己次子秦王朱樉，可以嘛？但很明顯他對這個次子是一萬個不滿意。秦王朱樉是一個有勇無謀或者說荒唐的人，他的過失很多，經常被父親朱元璋收拾。在洪武二十八年，因為對身邊人殘暴無比，更是被人下毒害死，死後朱元璋給予他“愍”字謚號，還下令削減其葬禮規模，由此可見對這個兒子是多麼失望透頂乃至是厭惡。
三子晉王朱棡倒是不錯，很有作為，“修目美髯，顧盼有威，多智數”。《明史》記載“二十三年，同晉王討乃兒不花。晉王怯不敢進”。居然是個膽小鬼，這朱元璋就更加不放心把大位交給他了。而且他也死在了朱元璋的前面。
四子朱棣雖軍事才能出眾，但史載其“暴戾多疑，擅權謀”。朱元璋深知朱棣若上位，極可能對兄弟舉起屠刀，引發宗室內戰。而朱允炆性格寬厚，主張仁政（如修改《大明律》嚴苛條文），更符合朱元璋晚年“以寬治國”的設想。
所以，年長的幾個兒子，唯一活下來最年長的，只有朱棣一人爾。
洪武十一年（1378年）， 開平王常遇春之女，太子妃常氏，在為朱標生下嫡三子朱允熥之後，去世。同年，太子次妃呂氏，冊封太子繼妃，她所生的兒子朱允炆，也因此成為朱標的嫡次子。洪武十五年（1382年），先太子妃常氏所生的皇嫡長孫，朱雄英去世，年僅8歲，葬儀視同皇子禮，追封虞懷王。大明皇位的第二繼承人，沒有了……太子朱標的兒子只剩下朱允炆、朱允熥等其他幾個兒子。
朱元璋將諸子分封為藩王鎮守邊疆，形成權力制衡。朱棣坐擁北平精兵，若再獲皇位，其他藩王必然恐慌，可能聯合反抗。朱元璋認為，傳位朱允炆也許可以維持“幼主+文官集團”與“藩王軍權”的微妙平衡。
朱元璋對太子朱標寄予厚望，傾注二十餘年心血培養。朱標早逝後，朱元璋將對其父子的感情轉移至朱允炆身上。朱允炆在朱標病榻前日夜侍疾、照顧幼弟的孝悌行為，進一步強化了朱元璋的傳位決心。總之，就是太喜歡這位皇太孫。
在中國古代，皇太子作為皇帝的儲君，在皇帝死後繼承大統。那麼，皇帝在位時，太子卻死了，怎麼辦？標準是：太子有沒有兒子。如果太子沒有兒子，那很簡單，皇帝再立一個兒子就好。如果太子有兒子，事情就複雜了。到底是立太子的兒子為皇太孫，還是立皇帝的其他兒子為新任皇太子呢？古代的宗法制度要求有嫡立嫡，無嫡立長。由此，這一問題能夠被簡化為“嫡長孫”與“嫡次子”之爭。
以朱元璋的手腕，如果是鐵了心想立朱棣，不能說完全沒有辦法。因此，朱元璋立朱允炆為皇太孫。除了宗法以外，朱元璋的個人意願更是佔了相當大的比重。朱允炆的繼位本就不是朱元璋一味遷就宗法的結果，而是朱元璋本人意志的體現。
朱標經營東宮二十五年，其勢力遍布朝野。文官集團（尤其是江南士族）推崇朱標—朱允炆一脈的仁政理念，與朱棣的武將底色格格不入。朱元璋為保朱允炆順利繼位，甚至不惜清洗藍玉等悍將，為孫子掃清障礙。
有史料暗示朱棣生母實為高麗貢妃碩氏，非正宮馬皇后。碩妃因“未足月產子”遭朱元璋處死，朱棣的庶出身份使其天然喪失繼承優勢。儘管朱棣稱帝後篡改史料自稱嫡子，但朱元璋在世時對其的冷遇（如封燕王鎮守苦寒邊陲）側面印證了這一點。也許正是因為身份的原因，導致朱元璋並不太相信朱棣。
朱元璋的抉擇本質是 “維穩邏輯” 的體現：以禮法壓制野心，以仁政對沖暴戾，以制衡避免動蕩。然而這一設計最終崩塌。藩王軍權與中央集權本質對立，削藩必引發衝突，這是一種結構性衝突，人為改變不了的。
洪武三十一年閏五月，明太祖朱元璋死。八月，朱允炆廢周王。十一月，布局監視燕王朱棣。次年二月，解除諸王文武權力。四月，逼死湘王，廢黜齊王、代王。六月，廢黜岷王。七月，逼反燕王。朱允炆從繼位到燕王朱棣被迫起兵，不過是僅僅在位一年零兩個月而已。這十四個月的時間裡，朱允炆下手幹了六個藩王。
這是一個死局，沒法改變。朱元璋立朱允炆為皇太孫的那一天，就是“靖難之役”實際開始的那一天。老頭子不過是親手打開了子孫相屠的潘多拉盒子罷了。
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