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他把漠南和潰北地區劃分為若干領地，分封他的諸子為領主，作為自己的宗藩，加強大汗的地位。他利用濟農(親王）和萬戶制度，加強了軍事組織。把以前的小領地合併為六萬戶，並根據傳統的習慣，把六萬戶仍分成左右兩翼。左翼三萬戶為察哈爾萬戶（今錫林郭勒盟地區）、兀良哈萬戶（原卓索圖盟地區）和喀爾喀萬戶（喀爾喀河流域一帶）。右翼三萬戶為鄂爾多斯萬戶（今伊克昭盟一帶）、土默特萬戶（今大青山下的土默特地區)和永謝布萬戶（今張家口以北一帶）。大汗駐在察哈爾萬戶境內，統率左翼三萬戶，派濟農駐在鄂爾多斯萬戶境內，統率右翼三萬戶。達延汗對封建秩序的調整，結束了賽特領主專橫的歷史，改變了成吉思汗以來的可汗同宗台吉領主和異宗賽特領主並立的制度。
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過去居於統治階級上層的太師們，由封建主的身份一變而為台吉領主們的僚屬。達延汗的分封制度，對後世產生了深遠的影響，它形成了漠南、漠北的各個部，並成為清代在蒙古地區設立盟旗的基礎。達延汗統治初期，為了集中力量統一蒙古，一般和明朝保持和平關係。1488年（弘治元年）達延汗遣使到北京要求通商，明廷同意了他的要求。除每年派貢使到北京之外，還在長城一帶地區的馬市同明朝進行貿易，這種和平的貢市關係維持了+余年。1500年（弘治十三年）達延汗為征討滿都資阿固勒呼移帳於鄂爾多斯，明廷誤以為入掠，遂於次年分兵五路突襲鄂爾多斯，奪走牲畜千餘。達延汗以十萬騎反擊固原、寧夏等處。這樣雙方的和平貢市關係逐漸中斷。
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達延汗畢生致力於統一蒙古的事業，結束了百年來封建內訌的局面。重建封建秩序，穩定了蒙古各部的駐牧地區，又一度保持了同明朝的和平貿易關係。所有這些對保障當時蒙古人民的和平生活和經濟發展是有積極意義的。但是這個時期的蒙古社會情況，仍不足以建立一個穩固的統一政權。蒙古當時經濟的分散性，作為手工業和貿易中心的城市尚未興起，各封建主可以單獨與外部發生關係，這些都是助長封建割據的因素。達延汗去世後，大汗的權威也隨之衰落。
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